Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001235

染色体: Chr05 坐标: 10468091-10474523 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001235
名称SmilChr05G001235
描述acetyl-CoA acetyltransferase 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10468091 - 10474523 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985934
GeneID130985934
locus_tag-
NCBI NameLOC130985934
原始查询SmilChr05G001235

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acetyl-CoA acetyltransferase 2
产物acetyl-CoA acetyltransferase 2
ArabidopsisAT5G47720 (AACT1)
Thiolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834823]
identity=77; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0252100
-
identity=76.8; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003985 (acetyl-CoA C-acetyltransferase activity); GO:0006635 (fatty acid beta-oxidation)
KEGGsmil00071 (Fatty acid degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00280 (Valine, leucine and isoleucine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00310 (Lysine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00380 (Tryptophan metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00650 (Butanoate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00108 (Thiolase_N); PF00109 (ketoacyl-synt); PF02803 (Thiolase_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985934

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057765099.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.80000 XP_057765100.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057765099.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765100.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10468688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C63
Chr5:10471916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:10472043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,D8
Chr5:10472420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,D4
Chr5:10473242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:10473931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765099.1
428 aa
N
1
214
428
Thiolase_N
ketoacyl-synt
Thiolase_C
C
PF00108 Thiolase_N 25-283 aa PF00109 ketoacyl-synt 105-151 aa PF02803 Thiolase_C 293-413 aa
XP_057765100.1
417 aa
N
1
208
417
Thiolase_N
ketoacyl-synt
Thiolase_C
C
PF00108 Thiolase_N 14-272 aa PF00109 ketoacyl-synt 94-140 aa PF02803 Thiolase_C 282-402 aa
XP_057765101.1
417 aa
N
1
208
417
Thiolase_N
ketoacyl-synt
Thiolase_C
C
PF00108 Thiolase_N 14-272 aa PF00109 ketoacyl-synt 94-140 aa PF02803 Thiolase_C 282-402 aa
XP_057765102.1
417 aa
N
1
208
417
Thiolase_N
ketoacyl-synt
Thiolase_C
C
PF00108 Thiolase_N 14-272 aa PF00109 ketoacyl-synt 94-140 aa PF02803 Thiolase_C 282-402 aa
XP_057765103.1
417 aa
N
1
208
417
Thiolase_N
ketoacyl-synt
Thiolase_C
C
PF00108 Thiolase_N 14-272 aa PF00109 ketoacyl-synt 94-140 aa PF02803 Thiolase_C 282-402 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765099.1 Pfam PF00108 Thiolase_N Domain 25 283 5.3e-90 302.0 Thiolase, N-terminal domain
XP_057765099.1 Pfam PF00109 ketoacyl-synt Domain 105 151 0.00021 21.7 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain
XP_057765099.1 Pfam PF02803 Thiolase_C Domain 293 413 5.7e-43 146.2 Thiolase, C-terminal domain
XP_057765100.1 Pfam PF00108 Thiolase_N Domain 14 272 5e-90 302.1 Thiolase, N-terminal domain
XP_057765100.1 Pfam PF00109 ketoacyl-synt Domain 94 140 0.0002 21.8 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain
XP_057765100.1 Pfam PF02803 Thiolase_C Domain 282 402 1.8e-42 144.5 Thiolase, C-terminal domain
XP_057765101.1 Pfam PF00108 Thiolase_N Domain 14 272 5e-90 302.1 Thiolase, N-terminal domain
XP_057765101.1 Pfam PF00109 ketoacyl-synt Domain 94 140 0.0002 21.8 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain
XP_057765101.1 Pfam PF02803 Thiolase_C Domain 282 402 1.8e-42 144.5 Thiolase, C-terminal domain
XP_057765102.1 Pfam PF00108 Thiolase_N Domain 14 272 5e-90 302.1 Thiolase, N-terminal domain
XP_057765102.1 Pfam PF00109 ketoacyl-synt Domain 94 140 0.0002 21.8 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain
XP_057765102.1 Pfam PF02803 Thiolase_C Domain 282 402 1.8e-42 144.5 Thiolase, C-terminal domain
XP_057765103.1 Pfam PF00108 Thiolase_N Domain 14 272 5e-90 302.1 Thiolase, N-terminal domain
XP_057765103.1 Pfam PF00109 ketoacyl-synt Domain 94 140 0.0002 21.8 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain
XP_057765103.1 Pfam PF02803 Thiolase_C Domain 282 402 1.8e-42 144.5 Thiolase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909117.1
TATCAATAGCACGCAATTCTATGCCTAAAAGAGGAGTATTTATTTATTTATTTATCTTTCTTACATTTGCTTACCAACGGACAACTACAGCGTCAGCTCAGACAAAATCAAGAAAAGGCTGTCATGGCTTCTGTTGATGATGCTTCTATTATGCCTCAAGATGTTTGCATTGTCGGTGTTGCAAGAACACCAATTGGCGGCTTTCTTGGTTCTCTTTCATCCTTGCCTGCTACAAAGCTCGGTTCTATAGCTATTGCATG...
XM_057909116.1
GAATCAAACTTCAAGTAGATTTTTTTTAGCAATTTTAGCCGACTCTTCTGCTAATTCTCTTCAATCTCTTGATATGAGATCACTTCGATTTAATTCCCTTTTTAAATTTCCTTTGGAGTTTCTCTTTAATTCCCCTTTCTTTCGCTGTTATGAGATCGTTTCGAGGTGTTGTGACTGCTGTCATGGCTTCTGTTGATGATGCTTCTATTATGCCTCAAGATGTTTGCATTGTCGGTGTTGCAAGAACACCAATTGGCGGC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130985934
ATGAGATCGTTTCGAGGTGTTGTGACTGCTGTCATGGCTTCTGTTGATGATGCTTCTATTATGCCTCAAGATGTTTGCATTGTCGGTGTTGCAAGAACACCAATTGGCGGCTTTCTTGGTTCTCTTTCATCCTTGCCTGCTACAAAGCTCGGTTCTATAGCTATTGCATGTGCTCTTAAGAGGGCAGGTGTAGATCCATCTTTGGTGCAGGAAGTGTTCTTTGGAAATGTACTTAGTGCTAATTTGGGCCAAGCCCCTGC...
LOC130985934
ATGGCTTCTGTTGATGATGCTTCTATTATGCCTCAAGATGTTTGCATTGTCGGTGTTGCAAGAACACCAATTGGCGGCTTTCTTGGTTCTCTTTCATCCTTGCCTGCTACAAAGCTCGGTTCTATAGCTATTGCATGTGCTCTTAAGAGGGCAGGTGTAGATCCATCTTTGGTGCAGGAAGTGTTCTTTGGAAATGTACTTAGTGCTAATTTGGGCCAAGCCCCTGCTAGACAGGCTGCATTAGGTGCGGGTATACCTAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057765099.1
MRSFRGVVTAVMASVDDASIMPQDVCIVGVARTPIGGFLGSLSSLPATKLGSIAIACALKRAGVDPSLVQEVFFGNVLSANLGQAPARQAALGAGIPNSVVCTTINKVCASGMKATMLAAQTIKLGVNDVVVAGGMESMSNAPKYITTGRIGSRLGHDTIVDGMLKDGLWDVYNDFGMGVCAELCADQHNITREEQDSYAIQSFERGLAAESSGAFSWEMVPVEISGGRGKPSTIIDKDEGLKKFDASRLRKLRASFKEN...
XP_057765100.1
MASVDDASIMPQDVCIVGVARTPIGGFLGSLSSLPATKLGSIAIACALKRAGVDPSLVQEVFFGNVLSANLGQAPARQAALGAGIPNSVVCTTINKVCASGMKATMLAAQTIKLGVNDVVVAGGMESMSNAPKYITTGRIGSRLGHDTIVDGMLKDGLWDVYNDFGMGVCAELCADQHNITREEQDSYAIQSFERGLAAESSGAFSWEMVPVEISGGRGKPSTIIDKDEGLKKFDASRLRKLRASFKENGGSVTAGNASS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器