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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001236

染色体: Chr05 坐标: 10474775-10477859 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001236
名称SmilChr05G001236
描述cellulose synthase-like protein E6
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10474775 - 10477859 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985933
GeneID130985933
locus_tag-
NCBI NameLOC130985933
原始查询SmilChr05G001236

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cellulose synthase-like protein E6
产物cellulose synthase-like protein E6
ArabidopsisAT1G55850 (CSLE1)
cellulose synthase like E1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842035]
identity=48.6; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0478100 (OsCslE1)
-
identity=49; qcov=0.947; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009833 (plant-type primary cell wall biogenesis); GO:0016760 (cellulose synthase (UDP-forming) activity); GO:0030244 (cellulose biosynthetic process); GO:0051753 (mannan synthase activity)
KEGG-
PfamPF03552 (Cellulose_synt)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985933

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057765098.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057765098.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057765098.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10475247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:10475282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:10475738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:10476353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B103,C18,C23,C29
Chr5:10476601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,C61,C73,D6
Chr5:10476605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B23
Chr5:10476950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:10477112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B131,B140,B37
Chr5:10477113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C74
Chr5:10477234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:10477372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,B71
Chr5:10477550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765098.1
767 aa
N
1
384
767
Cellulose_synt
Cellulose_synt
C
PF03552 Cellulose_synt 140-429 aa PF03552 Cellulose_synt 442-761 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765098.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 140 429 1.9e-137 460.5 Cellulose synthase
XP_057765098.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 442 761 1.9e-137 460.5 Cellulose synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909115.1
TCACAATCTTGGTAGACGATTTAGATTATCCGGCCTGTTCCTTTATCATGTGTTTGTGTTCAATAAGTTAGGTCTTGAAAAAAAAAACAAAGATTTCAGCGCACATCTTAAGACGCAACTTTAGTGGATGTCAGAAACGTGATAGGCAGATGATAAAGATAAGTTTAAAAAAATATGCATACCACCACTTGATGTCTTGTCAATCATTATCGGAACAAAAAGACACTGGTGATAAACTTGCAAATTTGGTAGCTCCTAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985933
ATGATAAAGATAAGTTTAAAAAAATATGCATACCACCACTTGATGTCTTGTCAATCATTATCGGAACAAAAAGACACTGGTGATAAACTTGCAAATTTGGTAGCTCCTAAGCATAGTGAGATGGAGAATAAGGATTACGTTGCACTGTTTGAGAGCAAGGCGGCGAAAGGGCGTGTAGTTTACTGGGTTTACGCGGTGTCAATGGCGGTGGGCATATCAGTGATATGCATCCACAGAGTGATGCACTTCCCGCAAGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765098.1
MIKISLKKYAYHHLMSCQSLSEQKDTGDKLANLVAPKHSEMENKDYVALFESKAAKGRVVYWVYAVSMAVGISVICIHRVMHFPQEKGVRRWAWTAIFMAELWFIIYWLITQFVRYRAVFRYTFKDRLSRRYSEDGLPAVDIFVSTADPQLEPPLMVADTVLSVMAYDYPPDKLNVYLSDDGCSDLVLYALFEASNFSRLWLPFCRSFHLHLRAPKAYFSTVKQLPTHHHPAFAIQWTKLKKLYNEMEARINEIVEQGRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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