当前解析结果
SmilChr05G001237| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001237 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001237 |
| 描述 | WEB family protein At1g12150-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 10479892 - 10482261 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985935 |
|---|---|
| GeneID | 130985935 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985935 |
| 原始查询 | SmilChr05G001237 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | WEB family protein At1g12150-like |
| 产物 | WEB family protein At1g12150-like |
| Arabidopsis | AT1G12150 (AT1G12150)weak chloroplast movement under blue light protein (DUF827) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837767] identity=34; qcov=0.972; evalue=3.06e-64; confidence=low |
| Rice | Os12g0271600 (BIP134)- identity=38.6; qcov=0.986; evalue=2.43e-72; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05701 (WEMBL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985935 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057765104.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057765104.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057765104.1 |
| 4 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.20000 | XP_057765104.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765104.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:10480214 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr5:10480309 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr5:10480338 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr5:10480339 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B125 |
Chr5:10480602 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B103,C18,C29 |
Chr5:10480646 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B119,B14,B24,B74 |
Chr5:10480664 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr5:10480890 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B17,B41,B67,C46 |
Chr5:10480894 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr5:10481174 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr5:10481175 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B119,B14,B24,B74 |
Chr5:10481212 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,B54 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765104.1PF05701
WEMBL 28-565 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765104.1 |
Pfam | PF05701 |
WEMBL | Coiled-coil | 28 | 565 | 3.6e-39 | 135.7 | Weak chloroplast movement under blue light |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。