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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001264

染色体: Chr05 坐标: 10774406-10778654 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001264
名称SmilChr05G001264
描述probable galacturonosyltransferase 4
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10774406 - 10778654 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985960
GeneID130985960
locus_tag-
NCBI NameLOC130985960
原始查询SmilChr05G001264

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable galacturonosyltransferase 4
产物probable galacturonosyltransferase 4
ArabidopsisAT5G47780 (GAUT4)
galacturonosyltransferase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834829]
identity=62.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0327100 (OsGAUT4)
-
identity=58.8; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
GOGO:0047262 (polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity)
KEGGsmil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01501 (Glyco_transf_8); PF25557 (GAUT_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985960

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057765178.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057765178.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765178.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765178.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765178.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10775223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr5:10775387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B47,C14,C4,C42
Chr5:10775540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:10775566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,C35,C44
Chr5:10775618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,C20,C77
Chr5:10775785 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C49
Chr5:10775785 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C49
Chr5:10775790 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 60 A15,A19,A20,B101,B102,B103,B108,B109,B11,B112,B115,B119,B120,B125,B127,B129,B132,B135,B19,B2,B20,B24,B26,B33,B36,B38,B39,B44,B51,B52,B60,B68,B69,B73,B78,B82,B85,B89,B93,C13,C14,C15,C18,C27,C3,C30,C31,C35,C38,C39,C42,C5,C51,C52,C54,C57,C61,C73,C77,D6
Chr5:10775792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C13,C5
Chr5:10775796 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 7 A21,B101,B49,B79,C20,C27,C36
Chr5:10775822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr5:10775844 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B119,B120,B24,B82,B93,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765178.1
658 aa
N
1
329
658
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 200-274 aa PF01501 Glyco_transf_8 322-631 aa
XP_057765179.1
658 aa
N
1
329
658
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 200-274 aa PF01501 Glyco_transf_8 322-631 aa
XP_057765180.1
657 aa
N
1
328
657
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 199-273 aa PF01501 Glyco_transf_8 321-630 aa
XP_057765181.1
657 aa
N
1
328
657
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 199-273 aa PF01501 Glyco_transf_8 321-630 aa
XP_057765182.1
657 aa
N
1
328
657
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 199-273 aa PF01501 Glyco_transf_8 321-630 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765178.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 200 274 1.3e-26 93.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057765178.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 322 631 6.6e-80 269.0 Glycosyl transferase family 8
XP_057765179.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 200 274 1.3e-26 93.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057765179.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 322 631 6.6e-80 269.0 Glycosyl transferase family 8
XP_057765180.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 199 273 1.3e-26 93.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057765180.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 321 630 1.2e-79 268.2 Glycosyl transferase family 8
XP_057765181.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 199 273 1.3e-26 93.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057765181.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 321 630 1.2e-79 268.2 Glycosyl transferase family 8
XP_057765182.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 199 273 1.3e-26 93.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057765182.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 321 630 1.2e-79 268.2 Glycosyl transferase family 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909197.1
CTAGCATATGATAATTAGTTACTTGTCAAAAGGGGAAGGAAAAAAAAAGGTAATGAGGTGAAGCCGCAAAAAAGAAAGCATAAAAGCGAAGAGGAGAAACAACGGTAGCGGACAGCGCAACTCAGATCAACATCATCAAAACCCATTTACATTTTCATATTTTTCCATTCTCTTCTTATAATTATTCTTCTGCGAGTGTCGAGTGTCATCGATTCATTCTTTATTTGATTTATCGATACTAGTTTAGTGTTTGTTTGTGG...
XM_057909195.1
AAAGGGGAAGGAAAAAAAAAGGTAATGAGGTGAAGCCGCAAAAAAGAAAGCATAAAAGCGAAGAGGAGAAACAACGGTAGCGGACAGCGCAACTCAGATCAACATCATCAAAACCCATTTACATTTTCATATTTTTCCATTCTCTTCTTATAATTATTCTTCTGCGAGTGTCGAGTGTCATCGATTCATTCTTTATTTGATTTATCGATACTAGTTTAGTGTTTGTTTGTGGGTGTTTCTTCCGCTACTGTGAAGAAGAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130985960
ATGAAGATAAAGCTGCGGAAGTCTGTGATTTTTTTGCTGTCGGTGACCGTTCTCGCCCCAATTGTTCTATACACTAACACTCTTGGAGCGTATCTCGCTTCCTCTTCTTCCAGGAATGAATTTGTGGAAGATGTTTCAACCTTTACATTCGCTGGTGAAGTCAGACCATTAAATGTGCTACCTCAGGAGTCGTCTGCTGCGTTGAAAGAACCTCTGGGTGTAGTTTATTCAGAAAATTTAGCCGATTCTGGTTCCAAAGG...
LOC130985960
ATGAAGATAAAGCTGCGGAAGTCTGTGATTTTTTTGCTGTCGGTGACCGTTCTCGCCCCAATTGTTCTATACACTAACACTCTTGGAGCGTATCTCGCTTCCTCTTCTTCCAGGAATGAATTTGTGGAAGATGTTTCAACCTTTACATTCGCTGGTGAAGTCAGACCATTAAATGTGCTACCTCAGGAGTCGTCTGCTGCGTTGAAAGAACCTCTGGGTGTAGTTTATTCAGAAAATTTAGCCGATTCTGGTTCCAAAGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057765178.1
MKIKLRKSVIFLLSVTVLAPIVLYTNTLGAYLASSSSRNEFVEDVSTFTFAGEVRPLNVLPQESSAALKEPLGVVYSENLADSGSKGSSVSSGENAHITRQLAEAEDGISSLSNLSSGQNTIRQVIDQVHEVALEKKEENSREAELIGKVNEVEQNKAKTEIGSRRSKARSERPSERIAVVKDNSREARTEKQNEQIIMPDARIRQLKDQLIRAKLYLSLSVTRTNPHFVRDLRLRMKEVLKVLGDATKDSELPKNALER...
XP_057765179.1
MKIKLRKSVIFLLSVTVLAPIVLYTNTLGAYLASSSSRNEFVEDVSTFTFAGEVRPLNVLPQESSAALKEPLGVVYSENLADSGSKGSSVSSGENAHITRQLAEAEDGISSLSNLSSGQNTIRQVIDQVHEVALEKKEENSREAELIGKVNEVEQNKAKTEIGSRRSKARSERPSERIAVVKDNSREARTEKQNEQIIMPDARIRQLKDQLIRAKLYLSLSVTRTNPHFVRDLRLRMKEVLKVLGDATKDSELPKNALER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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