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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001267`

染色体: Chr05 坐标: 10801215-10803959 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001267`
名称	SmilChr05G001267
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA40
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	10801215 - 10803959 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985964`
GeneID	`130985964`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985964`
原始查询	`SmilChr05G001267`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA40
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA40
Arabidopsis	`AT3G54780` (AT3G54780) Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824643] identity=29.6; qcov=0.776; evalue=4.86e-38; confidence=low
Rice	`Os09g0298500` (OJ1381_H04.25-1) - identity=52.7; qcov=0.988; evalue=8.66e-160; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00092 (VWA); PF00097 (zf-C3HC4); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13519 (VWA_2); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985964

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057765186.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057765186.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765186.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765186.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765186.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:10801772`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B73,C57
`Chr5:10801799`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B27,B71,B88,C62
`Chr5:10802000`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:10802647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,C2
`Chr5:10802968`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B49,D2
`Chr5:10803100`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C62
`Chr5:10803100`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C62
`Chr5:10803163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B15,B83,B95,C71
`Chr5:10803277`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B27,B71,B88,C62
`Chr5:10803367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B120,C3
`Chr5:10803483`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B101
`Chr5:10803483`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765186.1

501 aa

250

501

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

VWA

VWA_2

PF13639 zf-RING_2 82-131 aa PF17123 zf-RING_11 83-116 aa PF13445 zf-RING_UBOX 83-128 aa PF00097 zf-C3HC4 83-130 aa PF00092 VWA 251-348 aa PF13519 VWA_2 254-344 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765186.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	82	131	9.3e-08	32.9	Ring finger domain
`XP_057765186.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	83	116	2.4e-07	31.0	RING-like zinc finger
`XP_057765186.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	83	128	1.8e-06	28.5	RING-type zinc-finger
`XP_057765186.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	83	130	3.2e-07	30.8	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057765186.1`	Pfam	`PF00092`	VWA	Domain	251	348	1.9e-05	25.7	von Willebrand factor type A domain
`XP_057765186.1`	Pfam	`PF13519`	VWA_2	Domain	254	344	1.5e-07	32.7	von Willebrand factor type A domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909203.1
GAAAAACAAAATATTAGTAAGAAAGATCCCTTTCTTGGAAGTAGAATAAATACTAAAGCAGAAACCAATTCTTGGTTAAAAAACCCAAGATTTAATAATGTGAGAAATGGTAAAAGCAATCTAACTCGATATGGGAATTTGGTTAGTGGGATTGTATTTATTAGCAGTAGCAGTCCAAAAAAGTGGATGAGTAGAGGCCCCTCAACCTCAATCATATCAGTGTAGAAGAAGCCTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTGGGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985964
ATGGGCGGAGAAGGTGGTGGCGCTTCCCGGAAATTCAGGAGAGCCGCCAAGAAACTATTTGTACAGACATGTGGATCTTTCTGCCAAAGACAACAAACCCATGTTGACGCCTCTTCTGCCACTACTATTTCTTGCGATTCACCCAATTATGCGTGTCCACCGGAAAATCCGAGCAGGAACATTTCTTGCAAGAAGATGACGCCGGATGCCACTTTAACTACCAGCCCCTCTTCTAATAAGAGTTTGTGTGCAATATGTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765186.1
MGGEGGGASRKFRRAAKKLFVQTCGSFCQRQQTHVDASSATTISCDSPNYACPPENPSRNISCKKMTPDATLTTSPSSNKSLCAICLEALNYRSGSSPGQAIFTAQCSHAFHFACISSNVRHGSVTCPICRANWTQLPRNLNSRCSLHSNKADPILQILDDSIANSRVHRRSFLRSARYDDDDPIEPHHTTNQPRLHLSLAHPAFHSSTSSSMAESPTPLLCSSPSSRAYLRVKLAHQPATDLVLVASPNGPHLRLMKQA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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