Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001272`

染色体: Chr05 坐标: 10871737-10873159 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001272`
名称	SmilChr05G001272
描述	uncharacterized SmilChr05G001272
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	10871737 - 10873159 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985970`
GeneID	`130985970`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985970`
原始查询	`SmilChr05G001272`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0499000; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0499000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0499000` - identity=31.7; qcov=0.899; evalue=3.18e-15; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985970

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057765204.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057765204.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765204.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765204.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765204.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:10872011`	`GGT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B3,B59,C34,C38,C59
`Chr5:10872011`	`GGT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B3,B59,C34,C38,C59
`Chr5:10872081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B98,C10,C28
`Chr5:10872104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:10872123`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B19,B61,B79,B8
`Chr5:10872246`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	23	A13,A24,B129,B53,B85,B86,B89,C12,C14,C16,C19,C21,C31,C32,C39,C41,C45,C65,C68,C76,C8,C81,D3
`Chr5:10872324`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr5:10872339`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	36	A21,A4,B108,B112,B117,B12,B121,B126,B131,B133,B134,B137,B21,B22,B23,B46,B5,B55,B60,B63,B68,B73,B87,C22,C25,C43,C54,C57,C77,C86,C87,C9,D1,D10,D7,D9
`Chr5:10872365`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A1,A8,C32
`Chr5:10872365`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A1,A8,C32
`Chr5:10872370`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A1,A8,C32
`Chr5:10872370`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A1,A8,C32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909221.1
AAACAAGTATTTATAACTAATTTATTATTCAACTTTGGTGTAATAATGGGTTAAGTGGAGCATTTGAATATTAAGTTAGAAGTACTAGTTTCCTCATTCTCAGCCACTGATATTGCATGGGTGAATACTATTGCATAAAGAATTCGTTATTTTATAATTTTGAAACTCGAGATATAAAATAATTCAGAAAAGTTGAAAAGTTGTGTATGACAATTCAAGATAGATAAATGGAGAGAGAAAGAAAAGTTGGAATAAGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985970
ATGGGATGCATATACTCCAAGGCATCGGTGAGCATCAGAGAAGAGCTGAGACTGAGGCATAGCTTCCAAAGTAGATCCGCAGCATCAGCGTGGGAAGAATTACTAACATCATCACGCTCCAATGCACGAACTAGTCGGGATGGCAAGAGAAGCTTGAGCTTCCACACAGTGGAGGAATACGACGCCTTGATTCGCGCTCAACATAGCTTTGATGTGAAGATGCAAGAATCAAGGTGCGATGTGGCGGTGGAAATGGGGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765204.1
MGCIYSKASVSIREELRLRHSFQSRSAASAWEELLTSSRSNARTSRDGKRSLSFHTVEEYDALIRAQHSFDVKMQESRCDVAVEMGSKRKAVARGLKTLELEFPANATLIYSPGTYVTPKFGGYNAPVPQNAVFSPDLIAAFEDCMQHLQLEEDTILEHMFHHDYSLATSSNIYNPIDL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器