当前解析结果
SmilChr05G001277| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001277 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001277 |
| 描述 | sodium/hydrogen exchanger 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 10913881 - 10920978 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985976 |
|---|---|
| GeneID | 130985976 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985976 |
| 原始查询 | SmilChr05G001277 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sodium/hydrogen exchanger 6-like |
| 产物 | sodium/hydrogen exchanger 6-like |
| Arabidopsis | AT1G79610 (NHX6)Na+/H+ antiporter 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844299] identity=84.4; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0286400 (OsNHX5)- identity=79.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005768 (endosome); GO:0006814 (sodium ion transport); GO:0006885 (regulation of pH); GO:0015385 (sodium:proton antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:1902600 (proton transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00999 (Na_H_Exchanger) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985976 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057765209.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057765209.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765209.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765209.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765209.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:10914746 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr5:10914784 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B67,D11 |
Chr5:10916659 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr5:10918431 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr5:10919325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765209.1PF00999
Na_H_Exchanger 36-436 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765209.1 |
Pfam | PF00999 |
Na_H_Exchanger | Domain | 36 | 436 | 1e-65 | 222.8 | Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。