当前解析结果
SmilChr05G001280| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001280 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001280 |
| 描述 | protein SOMBRERO-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 10959489 - 10962672 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985979 |
|---|---|
| GeneID | 130985979 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985979 |
| 原始查询 | SmilChr05G001280 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SOMBRERO-like |
| 产物 | protein SOMBRERO-like |
| Arabidopsis | AT1G79580 (SMB)NAC (No Apical Meristem) domain transcriptional regulator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844296] identity=57.3; qcov=1.11; evalue=1.44e-106; confidence=high |
| Rice | Os02g0252200 (ONAC013)- identity=49.8; qcov=1.16; evalue=7.7e-96; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985979 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057765215.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765215.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765215.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765215.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057765215.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:10961836 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,B65 |
Chr5:10961872 |
CCA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B61 |
Chr5:10961872 |
CCA |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B61 |
Chr5:10961893 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C40,C79 |
Chr5:10962082 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,B14 |
Chr5:10962226 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B17,B41,C46 |
Chr5:10962314 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B100,B125,B67,B77 |
Chr5:10962394 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765215.1PF02365
NAM 13-141 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765215.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 13 | 141 | 8.1e-48 | 162.6 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。