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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001281

染色体: Chr05 坐标: 10966167-10966659 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001281
名称SmilChr05G001281
描述uncharacterized SmilChr05G001281
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10966167 - 10966659 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985980
GeneID130985980
locus_tag-
NCBI NameLOC130985980
原始查询SmilChr05G001281

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述seed maturation protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816718]; symbol=AT2G21820; hit=AT2G21820; species=arabidopsis; confidence=medium
产物seed maturation protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816718]; symbol=AT2G21820; hit=AT2G21820; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G21820 (AT2G21820)
seed maturation protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816718]
identity=78; qcov=0.988; evalue=4.02e-38; confidence=medium
RiceOs08g0385000
-
identity=55.9; qcov=1.12; evalue=2.73e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765216.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057765216.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765216.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765216.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765216.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10966376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr5:10966587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,B41,C46,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909233.1
ACGTGGATATATGTGTGTGTGTGTATAAAGAGAAGAGAAGACGATGTCAGGGGCACAAGGAGCACAGCCGCCGGAATCATTCACGGCGACGACCTACGAGTCGGTGAAAGGTGGGCAGAACAAGACCCGGTTCGACCCCCGGTCCAAGGAGGACGAGGGCGGAATCCAAATCGACAAAATTCAGGACAAAGTTGACGATGCCGCCGGTTTAGGGGGCCCTGTTTTTGGAGCCGGCAAGGACGACGACGCCGCCGACCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985980
ATGTCAGGGGCACAAGGAGCACAGCCGCCGGAATCATTCACGGCGACGACCTACGAGTCGGTGAAAGGTGGGCAGAACAAGACCCGGTTCGACCCCCGGTCCAAGGAGGACGAGGGCGGAATCCAAATCGACAAAATTCAGGACAAAGTTGACGATGCCGCCGGTTTAGGGGGCCCTGTTTTTGGAGCCGGCAAGGACGACGACGCCGCCGACCACCACAAAGATGATTTAGGCGTTACGGGCACCGCCTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765216.1
MSGAQGAQPPESFTATTYESVKGGQNKTRFDPRSKEDEGGIQIDKIQDKVDDAAGLGGPVFGAGKDDDAADHHKDDLGVTGTA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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