Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001295

染色体: Chr05 坐标: 11127563-11137126 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001295
名称SmilChr05G001295
描述calmodulin-binding transcription activator 2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11127563 - 11137126 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985994
GeneID130985994
locus_tag-
NCBI NameLOC130985994
原始查询SmilChr05G001295

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calmodulin-binding transcription activator 2-like
产物calmodulin-binding transcription activator 2-like
ArabidopsisAT5G64220 (AT5G64220)
Calmodulin-binding transcription activator protein with CG-1 and Ankyrin domain [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836543]
identity=46.3; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0191000
-
identity=42.6; qcov=1.05; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF00612 (IQ); PF03859 (CG-1); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985994

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765231.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057765230.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057765230.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765230.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765230.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11127852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B34,B86
Chr5:11128303 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C72
Chr5:11128303 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C72
Chr5:11128442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B49
Chr5:11128954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr5:11128984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B49
Chr5:11129029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C60
Chr5:11129173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr5:11129845 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B96
Chr5:11129845 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B96
Chr5:11130037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B49
Chr5:11130299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765230.1
1012 aa
N
1
506
1012
CG-1
Ank_2
Ank_2
Ank_3
Ank
IQ
IQ
C
PF03859 CG-1 21-134 aa PF12796 Ank_2 624-690 aa PF12796 Ank_2 635-723 aa PF13606 Ank_3 663-690 aa PF00023 Ank 663-694 aa PF00612 IQ 837-854 aa PF00612 IQ 858-878 aa
XP_057765231.1
915 aa
N
1
458
915
CG-1
Ank_2
Ank_2
Ank_3
Ank
IQ
IQ
C
PF03859 CG-1 1-37 aa PF12796 Ank_2 527-593 aa PF12796 Ank_2 538-626 aa PF13606 Ank_3 566-593 aa PF00023 Ank 566-597 aa PF00612 IQ 740-757 aa PF00612 IQ 761-781 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765230.1 Pfam PF03859 CG-1 Domain 21 134 8.3e-50 168.1 CG-1 domain
XP_057765230.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 624 690 1.2e-15 58.6 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057765230.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 635 723 1.2e-15 58.6 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057765230.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 663 690 3.1e-05 24.7 Ankyrin repeat
XP_057765230.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 663 694 1e-07 32.5 Ankyrin repeat
XP_057765230.1 Pfam PF00612 IQ Motif 837 854 5.9e-09 35.6 IQ calmodulin-binding motif
XP_057765230.1 Pfam PF00612 IQ Motif 858 878 5.9e-09 35.6 IQ calmodulin-binding motif
XP_057765231.1 Pfam PF03859 CG-1 Domain 1 37 1.3e-11 44.9 CG-1 domain
XP_057765231.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 527 593 8.3e-16 59.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057765231.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 538 626 8.3e-16 59.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057765231.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 566 593 2.4e-05 25.0 Ankyrin repeat
XP_057765231.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 566 597 7.8e-08 32.9 Ankyrin repeat
XP_057765231.1 Pfam PF00612 IQ Motif 740 757 4.7e-09 36.0 IQ calmodulin-binding motif
XP_057765231.1 Pfam PF00612 IQ Motif 761 781 4.7e-09 36.0 IQ calmodulin-binding motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909247.1
GCCAATGGCTATCACAAGTGCAGCTGACTTTTGCTTTAACCAACCTCCCCCGGTGTAAAGCGCAGCGTCTTCTGGTGTAAAAGAATCCATCGCATTCTGATTCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATAATACATGCACAAATATTGTAAAGATTTTATTAGATTATCTATGTATAGATTATGAGCTGACTCAAGAGTTGTTGTCCACTGTGATCTAGTTATTGATGGCTGAGAGCGGATCGTACAAT...
XM_057909248.1
ATATCAAGCAGATACTATCGGAAGCCCAAAATCGGTGGCTGAGACCTGCTGAAATTTGTGAAATTCTTAGAAACTATGAAAAGTTTCATATTTCACCTGAGGCTCCAAACAAACCAGTGGCTCTGTTTTTCTTTTCAATCGTAAGGTCTTAAGGTACTTCCGGAAGGATGCCCATAACTGGAGAAAGAAAAAGGACGGGAAAACTGTCAAGGAAGCACACGAGAAACTGAAGGTCGGAAGTGTTGACATGCTGAATTGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985994
ATGGCTGAGAGCGGATCGTACAATCTAGGGTTCCGGTTGGATATCAAGCAGATACTATCGGAAGCCCAAAATCGGTGGCTGAGACCTGCTGAAATTTGTGAAATTCTTAGAAACTATGAAAAGTTTCATATTTCACCTGAGGCTCCAAACAAACCAGTTAGTGGCTCTGTTTTTCTTTTCAATCGTAAGGTCTTAAGGTACTTCCGGAAGGATGCCCATAACTGGAGAAAGAAAAAGGACGGGAAAACTGTCAAGGAAGC...
LOC130985994
ATGCTGAATTGTTATTATGCCCATGGAGAGGATGATGAAAATTTTCAAAGGCGCAGCTACTGGTTGCTTGAGCCGGATCTCATGCACATAGTGTTTGTCCACTATTTGGAAGTCAAGGGCAATAAGACAAACATCGGCTATGTTAGAAACAGTGACAGAGTTGTACCGAATTCTGAAAACGAAAGCTCATTAACTTCCAGTTTCCGTGGAACAAGCCCAACCAGCACCTTGTCTTCAGCATATGAAGACGTTGAATCTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765230.1
MAESGSYNLGFRLDIKQILSEAQNRWLRPAEICEILRNYEKFHISPEAPNKPVSGSVFLFNRKVLRYFRKDAHNWRKKKDGKTVKEAHEKLKVGSVDMLNCYYAHGEDDENFQRRSYWLLEPDLMHIVFVHYLEVKGNKTNIGYVRNSDRVVPNSENESSLTSSFRGTSPTSTLSSAYEDVESDSNHQASSTLYSYSESPLIDDTAQSSSYNQLFNSGNQNVSVLNYSSLLGDNKSGGGSPINGAQITDGLALWQEVLPD...
XP_057765231.1
MLNCYYAHGEDDENFQRRSYWLLEPDLMHIVFVHYLEVKGNKTNIGYVRNSDRVVPNSENESSLTSSFRGTSPTSTLSSAYEDVESDSNHQASSTLYSYSESPLIDDTAQSSSYNQLFNSGNQNVSVLNYSSLLGDNKSGGGSPINGAQITDGLALWQEVLPDPDAGEIAYEQESQCSLPAQDNWQVLNALLDQKSLPSGQGIEVGQFCRNPDLKEQSGQRKIQMFISDTDTGNAADADMEDGMTVTGSESYFFHLRKPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器