Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001308`

染色体: Chr05 坐标: 11289311-11293546 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001308`
名称	SmilChr05G001308
描述	uncharacterized SmilChr05G001308
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	11289311 - 11293546 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986009`
GeneID	`130986009`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986009`
原始查询	`SmilChr05G001308`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ATP-dependent zinc metalloprotease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842071]; symbol=AT1G56180; hit=AT1G56180; species=arabidopsis; confidence=high
产物	ATP-dependent zinc metalloprotease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842071]; symbol=AT1G56180; hit=AT1G56180; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G56180` (AT1G56180) ATP-dependent zinc metalloprotease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842071] identity=59.9; qcov=0.87; evalue=3.4e-108; confidence=high
Rice	`Os02g0169000` - identity=58.1; qcov=0.743; evalue=2.02e-89; confidence=high
GO	GO:0004176 (ATP-dependent peptidase activity); GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986009

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057765247.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057765247.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.80000	`XP_057765248.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.60000	`XP_057765247.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765247.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:11291199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B104,B13,C18,C29
`Chr5:11291843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D7,D9
`Chr5:11292157`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B19,B61,B79,B8,C44
`Chr5:11293238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr5:11293462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B34,B59,C38,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909265.1
AATCCATGGTTAAACTTAAAACACTCAACCAAACAGCTCAACTCTCCAATGGCGAAATCGGCACCGGTTCTTCTGCTCTCCGTGGCACCCCCACCGTCGCTATGCCGACCGTCTCCATTTATTTTATCCACACGATTTCGGCGAAGAAGAATCCACGGACGCCGCGCTAGAATTAGAGCGGTCAGGGAGTGGCAGGACTACGAAGAAGCGGTGAAGAAGAAGGACCTCGCAGGAGCGCTTCGCTTCCTCAAACTCAAAGA...

XM_057909264.1
AATCCATGGTTAAACTTAAAACACTCAACCAAACAGCTCAACTCTCCAATGGCGAAATCGGCACCGGTTCTTCTGCTCTCCGTGGCACCCCCACCGTCGCTATGCCGACCGTCTCCATTTATTTTATCCACACGATTTCGGCGAAGAAGAATCCACGGACGCCGCGCTAGAATTAGAGCGGTCAGGGAGTGGCAGGACTACGAAGAAGCGGTGAAGAAGAAGGACCTCGCAGGAGCGCTTCGCTTCCTCAAACTCAAAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130986009
ATGGCGAAATCGGCACCGGTTCTTCTGCTCTCCGTGGCACCCCCACCGTCGCTATGCCGACCGTCTCCATTTATTTTATCCACACGATTTCGGCGAAGAAGAATCCACGGACGCCGCGCTAGAATTAGAGCGGTCAGGGAGTGGCAGGACTACGAAGAAGCGGTGAAGAAGAAGGACCTCGCAGGAGCGCTTCGCTTCCTCAAACTCAAAGACGAACTTCGCACCTCTTCAATTGAGTCGACTGGTCAGCTGAATGATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057765247.1
MAKSAPVLLLSVAPPPSLCRPSPFILSTRFRRRRIHGRRARIRAVREWQDYEEAVKKKDLAGALRFLKLKDELRTSSIESTGQLNDELRMFAVERDFQVLNTCLNADDMRLVGSAYALLKDRGLLPNFGKYRNIVLGESREVTPSLLKSSTGLEVSKLSPKKWGVSGSSSVVLIAVLAGTSILINQGIDIRPNLVAILALSMLDAILLGGACLAQISSYWPPHRRRILVHEAGHLLVAYLMGCPIRGVILDPIRAMQMGI...

XP_057765248.1
MAKSAPVLLLSVAPPPSLCRPSPFILSTRFRRRRIHGRRARIRAVREWQDYEEAVKKKDLAGALRFLKLKDELRTSSIESTGQLNDELRMFAVERDFQVLNTCLNADDMRLVGSAYALLKDRGLLPNFGKYRNIVLGESREVTPSLLKSSTGLEVSKLSPKKWGVSGSSSVVLIAVLAGTSILINQGIDIRPNLVAILALSMLDAILLGGACLAQISSYWPPHRRRILVHEAGHLLVAYLMGCPIRGVILDPIRAMQMGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器