当前解析结果
SmilChr05G001322| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001322 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001322 |
| 描述 | style cell-cycle inhibitor 1-B |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 11351234 - 11352633 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986021 |
|---|---|
| GeneID | 130986021 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986021 |
| 原始查询 | SmilChr05G001322 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | style cell-cycle inhibitor 1-B |
| 产物 | style cell-cycle inhibitor 1-B |
| Arabidopsis | AT1G79200 (SCI1)splicing regulatory glutamine/lysine-rich-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844261] identity=67.1; qcov=0.483; evalue=3.25e-33; confidence=medium |
| Rice | Os02g0170200- identity=64.9; qcov=0.49; evalue=4.9e-31; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27660 (SCI1_hairpin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986021 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057765270.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057765270.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057765270.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765270.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765270.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:11351369 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,C73,D11,D6 |
Chr5:11351466 |
A |
AGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C26 |
Chr5:11351466 |
A |
AGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr5:11351469 |
TCC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C26 |
Chr5:11351469 |
TCC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr5:11351726 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B131,D4 |
Chr5:11352142 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B140,B24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765270.1PF27660
SCI1_hairpin 97-134 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765270.1 |
Pfam | PF27660 |
SCI1_hairpin | Domain | 97 | 134 | 4.1e-16 | 59.0 | Style cell-cycle inhibitor 1-like helix hairpin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。