Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001329

染色体: Chr05 坐标: 11564629-11565350 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001329
名称SmilChr05G001329
描述uncharacterized SmilChr05G001329
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11564629 - 11565350 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986027
GeneID130986027
locus_tag-
NCBI NameLOC130986027
原始查询SmilChr05G001329

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820470]; symbol=AT3G12870; hit=AT3G12870; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820470]; symbol=AT3G12870; hit=AT3G12870; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G12870 (AT3G12870)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820470]
identity=69.5; qcov=0.995; evalue=2.16e-98; confidence=high
RiceOs03g0778400
-
identity=58; qcov=0.956; evalue=1.7e-76; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986027

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057765277.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057765277.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057765277.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765277.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765277.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11564768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:11564902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:11564903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B112
Chr5:11564999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,A2,B64
Chr5:11565080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B101,B54,C35
Chr5:11565108 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 27 A16,A6,B108,B11,B15,B34,B42,B43,B45,B49,B5,B6,B60,B74,B79,B90,B92,C21,C30,C33,C39,C4,C40,C48,C57,C67,C8
Chr5:11565172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909294.1
ATGGGCGATCACAACAACAGTGACAGAAAATCATCTCTAATGGAGGCAAAGGCAGTGCACCCGCTCCAGCAGATCGCCGGGAACCCGACCCACAAACTCCTCCTGAAGCAGTGGCTGAAGGAGGAAGAGCTGATCCTCAACCGCCTCTCCCTCAAAGAAACCCAGATCGACGCCACCCGCAAGGAGATCACTCACCTCTATTGCATCTTCTTCCTCTTCCACTCCACCGCCCTCCTCCTGCTCTTCGCGGCGGCGGGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986027
ATGGGCGATCACAACAACAGTGACAGAAAATCATCTCTAATGGAGGCAAAGGCAGTGCACCCGCTCCAGCAGATCGCCGGGAACCCGACCCACAAACTCCTCCTGAAGCAGTGGCTGAAGGAGGAAGAGCTGATCCTCAACCGCCTCTCCCTCAAAGAAACCCAGATCGACGCCACCCGCAAGGAGATCACTCACCTCTATTGCATCTTCTTCCTCTTCCACTCCACCGCCCTCCTCCTGCTCTTCGCGGCGGCGGGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765277.1
MGDHNNSDRKSSLMEAKAVHPLQQIAGNPTHKLLLKQWLKEEELILNRLSLKETQIDATRKEITHLYCIFFLFHSTALLLLFAAAGQGQPHLCRRSWVPSLCSLLCSLGFIWAIRYKTDVESHLEKMLSREKEDSKLLGKCVEELKRKGVEFDLLTEVDALRRAKSLRVESKPVNKWSARDFVTLFFFTLSCCVLVLNRLILCA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器