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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001334

染色体: Chr05 坐标: 11716333-11719726 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001334
名称SmilChr05G001334
描述uncharacterized SmilChr05G001334
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11716333 - 11719726 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986032
GeneID130986032
locus_tag-
NCBI NameLOC130986032
原始查询SmilChr05G001334

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842061]; symbol=AT1G56090; hit=AT1G56090; species=arabidopsis; confidence=high
产物Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842061]; symbol=AT1G56090; hit=AT1G56090; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G56090 (AT1G56090)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842061]
identity=56.8; qcov=1.05; evalue=2.07e-86; confidence=high
RiceOs04g0616100
-
identity=52.7; qcov=0.834; evalue=2.3e-54; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986032

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765281.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765281.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057765281.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057765281.1
5 Cell projection 细胞突起 0.20000 XP_057765281.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11716803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B19,B61,B8
Chr5:11718910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C44,C73,C82,D6
Chr5:11718911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr5:11719043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C8
Chr5:11719049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909298.1
AAAGATATTTATAGACAAAGGAGCCCAAATCCAAAATTCAATAATTGGGGTGGAAAGCGGGTCGGACCCTGAAATGGTCATTTGATATAGTAGCAAATTATTTGAATGAAAATGGATGGGGGGCTCCGCCCCAATTTGTTTCGCATCTACTCCTCCGCCTGCGCATCCTTCTCCCTCTCCCCAATTTCTTATCCTCAAATTTACCTCATCTTCCTCAGATTCATATCTGTGTCAGTCTGCAACTATATTAGAATTTGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986032
ATGGCTTCGGGATCACCGGCGATTAATAAGATTGAGAGGGCACACCAGATGTACAGAGAGGGCAAGTATGCCGAAGCACTGGATTATTACACCGACGCGCTTTTCATGGCCAAGACCACGCCGCAGAAGATTGCGCTCCACAGCAACCGCGCCGCTTGTTTTCTCAAGCTCCACGACTTCAACAAGGCTGCAGAAGAATGCACCTCAGTGTTGGAACTTGATTACAATCATACTGGAGCACTGATGTTGCGTGCTCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765281.1
MASGSPAINKIERAHQMYREGKYAEALDYYTDALFMAKTTPQKIALHSNRAACFLKLHDFNKAAEECTSVLELDYNHTGALMLRAQTLVTLKEYHSALFDVNRLIELNPSSEVYRNLHTRLKTQLSLAPIPEDEAEFEEDDEYLDEDKQEPYEEELDDEKIEDLGSSGSDVTRDAAKNNNGECNFEDVSLTEEILPSQNMIRQLPSDQTSSGWRTIPKPKGHSQLDYSRWDRVQDDSSEEDDDDDEDDEDDDDSQPQYRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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