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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001336

染色体: Chr05 坐标: 11761751-11762999 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001336
名称SmilChr05G001336
描述uncharacterized SmilChr05G001336
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11761751 - 11762999 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986035
GeneID130986035
locus_tag-
NCBI NameLOC130986035
原始查询SmilChr05G001336

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述activator of spomin::LUC2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820472]; symbol=ASML2; hit=AT3G12890; species=arabidopsis; confidence=medium
产物activator of spomin::LUC2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820472]; symbol=ASML2; hit=AT3G12890; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G12890 (ASML2)
activator of spomin::LUC2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820472]
identity=36.1; qcov=1.11; evalue=1.93e-33; confidence=medium
RiceOs01g0835700 (OsCCT01)
-
identity=58.8; qcov=0.338; evalue=3.43e-21; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0009909 (regulation of flower development)
KEGG-
PfamPF06203 (CCT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986035

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765283.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765283.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765283.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765283.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057765283.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11761927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:11762641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765283.1
237 aa
N
1
118
237
CCT
C
PF06203 CCT 142-184 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765283.1 Pfam PF06203 CCT Motif 142 184 6.1e-18 65.3 CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909300.1
AAAGACAGAGAGTGGAGAGGGGCCAGTTTTGTTTGATGCTATAAATAGTTGCCACCACCATCAAATTCCTTCACCATCCCATCCACAACATACACTTTTAATTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAATGGCTGCTTCAATCCCTCATCACAACTGCTTCGATTACCCCATCGACTTCTGCACTCTCCCAAACGACAGCGTTTCCGGAGAAACCTCAAACATGTTCAACTCCAACATGCAGCTTCCATTGCTGAGCTACGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986035
ATGGCTGCTTCAATCCCTCATCACAACTGCTTCGATTACCCCATCGACTTCTGCACTCTCCCAAACGACAGCGTTTCCGGAGAAACCTCAAACATGTTCAACTCCAACATGCAGCTTCCATTGCTGAGCTACGACATCAACTCGCCCGTTTCAGTGGCGTCGTTTCCCGACAGCCACTTTGGCCTCGCTTCAGACTACATGGTCGTTCCTCAGATGTCGGAGATCGAGACCGGATTTCGCCATTTCTCGGTCTGCGATTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765283.1
MAASIPHHNCFDYPIDFCTLPNDSVSGETSNMFNSNMQLPLLSYDINSPVSVASFPDSHFGLASDYMVVPQMSEIETGFRHFSVCDYNQSQVFDSGEECSGSVWPPYNPLLPENWGIQGKAATMVDHESDQVKVGRYSAEERKDRILRYLKKRNHRNFNKTIKYACRKTLADKRVRVRGRFAKNNEASQDEIHIDSSTSYQQDNSLFHDSFQMMKYDEEYWLQAAMDNLGHFPYLGS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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