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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001342

染色体: Chr05 坐标: 11824629-11828189 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001342
名称SmilChr05G001342
描述uncharacterized SmilChr05G001342
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11824629 - 11828189 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986039
GeneID130986039
locus_tag-
NCBI NameLOC130986039
原始查询SmilChr05G001342

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Per1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838226]; symbol=AT1G16560; hit=AT1G16560; species=arabidopsis; confidence=high
产物Per1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838226]; symbol=AT1G16560; hit=AT1G16560; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G16560 (AT1G16560)
Per1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838226]
identity=54.3; qcov=0.915; evalue=1.63e-127; confidence=high
RiceOs05g0220100 (OSJNBb0043H23.1)
-
identity=49.5; qcov=0.974; evalue=5.75e-122; confidence=high
GOGO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0006506 (GPI anchor biosynthetic process); GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGGsmil00563 (Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04080 (Per1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765286.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057765286.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765286.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765286.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765286.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11824779 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 9 A7,B111,B112,B131,B27,C18,C28,C29,C85
Chr5:11824785 G GT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 2 B17,B41
Chr5:11824785 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B17,B41
Chr5:11824882 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 32 A1,B105,B120,B124,B126,B128,B136,B22,B27,B28,B29,B3,B38,B39,B51,B52,B54,B59,B78,B80,B81,B82,B84,B91,C20,C23,C28,C38,C60,C64,C66,D5
Chr5:11825500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:11826148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B61,B8
Chr5:11826196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C3
Chr5:11826236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr5:11826283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:11826327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B112,B131
Chr5:11826494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B88
Chr5:11826577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765286.1
351 aa
N
1
176
351
Per1
C
PF04080 Per1 77-339 aa
XP_057765287.1
351 aa
N
1
176
351
Per1
C
PF04080 Per1 77-339 aa
XP_057765288.1
348 aa
N
1
174
348
Per1
C
PF04080 Per1 77-336 aa
XP_057765289.1
345 aa
N
1
172
345
Per1
C
PF04080 Per1 71-333 aa
XP_057765290.1
345 aa
N
1
172
345
Per1
C
PF04080 Per1 71-333 aa
XP_057765292.1
342 aa
N
1
171
342
Per1
C
PF04080 Per1 68-330 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765286.1 Pfam PF04080 Per1 Family 77 339 7e-71 239.7 Per1-like family
XP_057765287.1 Pfam PF04080 Per1 Family 77 339 7e-71 239.7 Per1-like family
XP_057765288.1 Pfam PF04080 Per1 Family 77 336 1.9e-73 248.1 Per1-like family
XP_057765289.1 Pfam PF04080 Per1 Family 71 333 6.9e-71 239.7 Per1-like family
XP_057765290.1 Pfam PF04080 Per1 Family 71 333 6.9e-71 239.7 Per1-like family
XP_057765292.1 Pfam PF04080 Per1 Family 68 330 5.4e-71 240.0 Per1-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909309.1
TAAAATGAAGAATTTGATAAGAGGAATTGCTATGTAATATATTATGTGTTACACGTTGTGATGCAAAAACACACACACACACACACACACTAATCTATGGTGTGTGAGAGATGTTCAATGCCTCCATAATTCCAGGGCTCAAAGAGCTCATAATGGGTAGAATCTTGTCAAATTTTGGATTATCATCACCAAACTGGGCTTGTCTTTCACAATGTCAAAAGACTAGTTGTGTTGGGGCAAGATGTTTCTCATGCTGCAAC...
XM_057909306.1
TGTAATATATTATGTGTTACACGTTGTGATGCAAAAACACACACACACACACACACACTAATCTATGGTGTGTGAGAGATGTTCAATGCCTCCATAATTCCAGGGCTCAAAGAGCTCATAATGGAATCTTGTCAAATTTTGGATTATCATCACCAAACTGATTTATGTACAGATGGCCAGATGTTGCTGGATAATTTGCTTTCTGGTGTTCTCTTCCCTTTTTAGAGCATACGAGGCTAGTCCTGGTGATTCTGACCAAT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130986039
ATGTTCAATGCCTCCATAATTCCAGGGCTCAAAGAGCTCATAATGGGTAGAATCTTGTCAAATTTTGGATTATCATCACCAAACTGGGCTTGTCTTTCACAATGTCAAAAGACTAGTTGTGTTGGGGCAAGATGTTTCTCATGCTGCAACTCAGCTTCAGATGGTTCTCCTCTTGATGCCTCTTGGTATAACATAAAACATCTTTACTTTTGGTGGAACCACTGGGATTGCCAAAGCAACTGTCGTTACCATTGTATGCT...
LOC130986039
ATGCCGATTTATGTACAGATGGCCAGATGTTGCTGGATAATTTGCTTTCTGGTGTTCTCTTCCCTTTTTAGAGCATACGAGGCTAGTCCTGGTGATTCTGACCAATTATATAGGGCTTGTCTTTCACAATGTCAAAAGACTAGTTGTGTTGGGGCAAGATGTTTCTCATGCTGCAACTCAGCTTCAGATGGTTCTCCTCTTGATGCCTCTTGGTATAACATAAAACATCTTTACTTTTGGTGGAACCACTGGGATTGCCA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057765286.1
MPIYVQMARCCWIICFLVFSSLFRAYEASPGDSDQLYRACLSQCQKTSCVGARCFSCCNSASDGSPLDASWYNIKHLYFWWNHWDCQSNCRYHCMLYRENERAELGLEPVKYHGKWLSRRQYGFQFAQEPISVAISALNLVMHFHGWRSFSNLIYYSLPLKPDKTPFYDYAGLFNIYGLLAMNAWFWSAAFHFREMDLTEKLEFSSFVALLGYSIILAIIRSFSLRTDAARVMVAAPIVAFATTHILFLCNYKMDYEWNT...
XP_057765287.1
MPIYVQMARCCWIICFLVFSSLFRAYEASPGDSDQLYRACLSQCQKTSCVGARCFSCCNSASDGSPLDASWYNIKHLYFWWNHWDCQSNCRYHCMLYRENERAELGLEPVKYHGKWLSRRQYGFQFAQEPISVAISALNLVMHFHGWRSFSNLIYYSLPLKPDKTPFYDYAGLFNIYGLLAMNAWFWSAAFHFREMDLTEKLEFSSFVALLGYSIILAIIRSFSLRTDAARVMVAAPIVAFATTHILFLCNYKMDYEWNT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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