Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001346`

染色体: Chr05 坐标: 11892070-11894238 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001346`
名称	SmilChr05G001346
描述	uncharacterized SmilChr05G001346
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	11892070 - 11894238 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025517`
GeneID	`131025517`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025517`
原始查询	`SmilChr05G001346`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT2G06105` (AT2G06105) aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693] identity=37.5; qcov=0.113; evalue=7.14e-08; confidence=weak
Rice	`Os12g0292200` - identity=44.3; qcov=0.138; evalue=1.04e-16; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025517

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811294.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811294.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057811294.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057811294.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057811294.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:11892173`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,C40,C49
`Chr5:11892184`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,B120,B42
`Chr5:11892186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B89,C40,C49
`Chr5:11892199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,B120,B42
`Chr5:11892214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B29,B3,B59,C38
`Chr5:11892220`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr5:11892262`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,C50,D2
`Chr5:11892286`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C50,D2
`Chr5:11892292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,B93
`Chr5:11892310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,D3
`Chr5:11892322`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B1
`Chr5:11892322`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955311.1
ATGAACACAAGATCTAAAAATTTACCTTTAGTAGATTTTGATCCGGAAATTGAAGCTACGTGCCGCCATAACAACAGCCAGACGACCAAAGCCAAGTTGGATCACATGGCTACTGCGGAAGAAGTCCGTGCTTTGAGAGAGCAGTTGCAGGCGTTGATGGATGCTCAGAAAACTGTTGCTGAGCAGAAACAACCGCCTATTGATGAGGTATTTACTCCACTGTACCAGTACCAAGAGCCGCCCAGAGTCAACGCAAATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025517
ATGAACACAAGATCTAAAAATTTACCTTTAGTAGATTTTGATCCGGAAATTGAAGCTACGTGCCGCCATAACAACAGCCAGACGACCAAAGCCAAGTTGGATCACATGGCTACTGCGGAAGAAGTCCGTGCTTTGAGAGAGCAGTTGCAGGCGTTGATGGATGCTCAGAAAACTGTTGCTGAGCAGAAACAACCGCCTATTGATGAGGTATTTACTCCACTGTACCAGTACCAAGAGCCGCCCAGAGTCAACGCAAATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811294.1
MNTRSKNLPLVDFDPEIEATCRHNNSQTTKAKLDHMATAEEVRALREQLQALMDAQKTVAEQKQPPIDEVFTPLYQYQEPPRVNANNFELRTGLITMVQQNQYGGSAVEDPNVHLRQFLELCSTIKMNGVADDIIRLRLFPFSLRDKAKSWYHTLQLSANPAWEDVAHLFLRKFHPPSLTLKLKMDIVQDFSRHVLQCLRRAHEDVYGHSSWRLPTQEGKFGSNGDHRKYGSYQLSMAVREGAAEESCCSIQLRSPDDDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器