Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001351`

染色体: Chr05 坐标: 12015993-12018232 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001351`
名称	SmilChr05G001351
描述	uncharacterized SmilChr05G001351
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	12015993 - 12018232 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986047`
GeneID	`130986047`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986047`
原始查询	`SmilChr05G001351`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986047

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057765302.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057765302.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057765302.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765302.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765302.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:12016376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr5:12016398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,B80,B84,C22
`Chr5:12016412`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A22,B113,B139
`Chr5:12016412`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A22,B113,B139
`Chr5:12016415`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	26	A1,A4,B10,B102,B104,B120,B134,B29,B3,B33,B36,B4,B59,B7,B75,B80,B99,C22,C38,C4,C72,C77,C78,C81,C87,D7
`Chr5:12016472`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D10
`Chr5:12016472`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D10
`Chr5:12016502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:12016622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B136,B88,C8
`Chr5:12016737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B33,B68,C48
`Chr5:12016741`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B19,B61,B8
`Chr5:12016745`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,A24,B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909319.1
AAGAACATGTGGTGTACCTCTCGAGGCCTATAATTGATGGAGATGGCACAATCATATTTGATGGAAAGTTAGGCATCTTTCCTTTCACAACAACAGAACCAACACAGAGGAATTTGAAAAACAAGATAAAAGGTACAATGGAAGTGAAGCCAATTCCAGCCATCACTAAGGGAATCATCAAAGCCTGCCTTATTAAAGAGATGGTCCCAGTGTTCAAAGCCAAGTGGCCAAAGATGTCAAGCAGGCACATATTTATCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986047
ATGGAAGTGAAGCCAATTCCAGCCATCACTAAGGGAATCATCAAAGCCTGCCTTATTAAAGAGATGGTCCCAGTGTTCAAAGCCAAGTGGCCAAAGATGTCAAGCAGGCACATATTTATCCAAATAAACATACTTATGTTCCAACTAGTATGCCAACCAGCTAATTCACCGGATACAAATGTGAATGATCTAGGATTTTTCAGAGCTATACAGACCCTTAAAGATCAAAAAGCAGCCAATAATGTGGAGGAGTTACTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765302.1
MEVKPIPAITKGIIKACLIKEMVPVFKAKWPKMSSRHIFIQINILMFQLVCQPANSPDTNVNDLGFFRAIQTLKDQKAANNVEELLENVKAAYEEYHQSSSTVFFSLCKAAIMK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器