当前解析结果
SmilChr05G001353| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001353 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001353 |
| 描述 | pre-rRNA-processing protein esf1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 12047594 - 12052443 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986048 |
|---|---|
| GeneID | 130986048 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986048 |
| 原始查询 | SmilChr05G001353 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pre-rRNA-processing protein esf1-like |
| 产物 | pre-rRNA-processing protein esf1-like |
| Arabidopsis | AT3G01160 (AT3G01160)pre-rRNA-processing ESF1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820504] identity=50.2; qcov=1; evalue=5.53e-166; confidence=high |
| Rice | Os07g0531700 (P0681F05.134)- identity=43.8; qcov=0.773; evalue=1.1e-103; confidence=medium |
| GO | GO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006364 (rRNA processing) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08159 (NUC153); PF25121 (RRM_ESF1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986048 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057765303.1 |
| 2 | Nucleolus | 核仁 | 1.00000 | XP_057765303.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765303.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765303.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765303.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765303.1PF25121
RRM_ESF1 185-327 aa
PF08159
NUC153 568-592 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765303.1 |
Pfam | PF25121 |
RRM_ESF1 | Domain | 185 | 327 | 3.6e-64 | 216.0 | ESF1 RRM domain |
XP_057765303.1 |
Pfam | PF08159 |
NUC153 | Domain | 568 | 592 | 2.5e-09 | 37.5 | NUC153 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。