Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001353

染色体: Chr05 坐标: 12047594-12052443 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001353
名称SmilChr05G001353
描述pre-rRNA-processing protein esf1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12047594 - 12052443 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986048
GeneID130986048
locus_tag-
NCBI NameLOC130986048
原始查询SmilChr05G001353

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pre-rRNA-processing protein esf1-like
产物pre-rRNA-processing protein esf1-like
ArabidopsisAT3G01160 (AT3G01160)
pre-rRNA-processing ESF1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820504]
identity=50.2; qcov=1; evalue=5.53e-166; confidence=high
RiceOs07g0531700 (P0681F05.134)
-
identity=43.8; qcov=0.773; evalue=1.1e-103; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006364 (rRNA processing)
KEGG-
PfamPF08159 (NUC153); PF25121 (RRM_ESF1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765303.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057765303.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765303.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765303.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765303.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765303.1
608 aa
N
1
304
608
RRM_ESF1
NUC153
C
PF25121 RRM_ESF1 185-327 aa PF08159 NUC153 568-592 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765303.1 Pfam PF25121 RRM_ESF1 Domain 185 327 3.6e-64 216.0 ESF1 RRM domain
XP_057765303.1 Pfam PF08159 NUC153 Domain 568 592 2.5e-09 37.5 NUC153 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909320.1
AAAATTAAAAGCTTAAACCCATAATTCTTTTATCTTCTTAAGCCCTAATTCCCCTTCTCCGTCGTCTGCATCTTCAATTCCAGAGTTTGGCGACACATTCAAGAAAAGGTATTTACTTTCTCTATCTCCCTTCTCTCGGTCGTCCGGCGTTAAAACCGCCGTCACCGCCGCTTCCCGCCTTCTCCGGTCGCGCATGTCCACTCGCCGCCTCGGAGAGCCTCCCTCCTAGCGCTGCAAGCAGCAGTACGGGACTGCACCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986048
ATGTCCTCCTCCACCCGGCGGATTTTGGGTTTGGAGCAGAGAAGGAAGCAACAGAAGATGAAGAAAAAGGAACCAAAAATGATTAAGGACGAGCGATTTGCTTCAGCGCAGTCAGACCCTCGCTTCATGGAAGCTCCGAAGAGGCATTCCAAAGTCACAATTGACTCTCGCTTCCAACGCATATTCACCGACCGCAGCTTCGTCTCCTCTCGTGCTCCCGTAGACAAGCGAGGCAGACCAAAAACTAACAACGCCTCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765303.1
MSSSTRRILGLEQRRKQQKMKKKEPKMIKDERFASAQSDPRFMEAPKRHSKVTIDSRFQRIFTDRSFVSSRAPVDKRGRPKTNNASSSSLAHYYRLQEENDPEIDAAQVDQIGNPAESKSGFENLRTLEKDDNDDDDDDDDGQSVDESSSTTSTTDSDDDNYMDSGEEDTLMLQENNVPEIDSETRRLAVVNLDWSQVRAVDLYVLLTSFLPKGGQILSVSVYPSEFGLKRMEEEAVRGPVGLFDDEDKHDDVDDDDDEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器