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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001355

染色体: Chr05 坐标: 12061463-12069583 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001355
名称SmilChr05G001355
描述protein PAT1 homolog
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12061463 - 12069583 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986049
GeneID130986049
locus_tag-
NCBI NameLOC130986049
原始查询SmilChr05G001355

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PAT1 homolog
产物protein PAT1 homolog
ArabidopsisAT1G79090 (AT1G79090)
topoisomerase II-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844250]
identity=50.9; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0517300
-
identity=48.5; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000290 (deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA); GO:0000932 (P-body); GO:0003723 (RNA binding); GO:0033962 (P-body assembly)
KEGGsmil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057765304.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.80000 XP_057765304.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.80000 XP_057765304.1
4 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057765304.1
5 P-body P-body 0.60000 XP_057765304.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909321.1
ACTTAATTGATATTAGTCCATGAACCAACAACGAATTGTATCTGCTTGCATTATAGTTCACACATATAAATCTAGGGTTCCAAAATCTAATCGCCTCCATCGGCGACCCATACAGATTCCATTTCTAGCTCTATACACCTCACTATTGCACCGATTCAGCGTCGAGGTCCTCTCTCTGCCACATCAAGCACCTTCTCGAAACCAACTTCATTGAAATTCACCTTTTCTTTTTCACTATTTGATCTTGGTTCAACTCCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986049
ATGGATGGATACGAAGGCAGGGGCAGTGTTAGCGAGTCCTCCAAGCTTCACGATCTTAAACCTTTTGGCTCAGCCCCAACAGGGGGCGCAGTATTTGATGCATCACAATATGCATTTTTTGGCAATGATGCTGTGGAGGAAGTTGAATTAGGGGGACTAGATGATGAAGAAGATGATGTTGCTCCAGTTGGGTTTGAGGAAGAGGAGTTTATATTTGAGGGGGAACAGGGAGATGGATTGGGATCTCTGGCTGAAATTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765304.1
MDGYEGRGSVSESSKLHDLKPFGSAPTGGAVFDASQYAFFGNDAVEEVELGGLDDEEDDVAPVGFEEEEFIFEGEQGDGLGSLAEIDDLSKTFSKLNNVGPSSAGVRPDWDSRESASGVEWVQGADNTNWLDRRNFNVETTHETDQLSSQPYSAFRIMDSKSLHRTSSYPEQQQQQQQQHPYEPQNLHHNYSSEPILIPKTPFTSYPPPGGRSEQASPNSQSNHPNLTHLPGGHQFSISSSNLSPYNNTQLQLSALPHGP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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