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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001364

染色体: Chr05 坐标: 12122918-12130304 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001364
名称SmilChr05G001364
描述uncharacterized SmilChr05G001364
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12122918 - 12130304 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986058
GeneID130986058
locus_tag-
NCBI NameLOC130986058
原始查询SmilChr05G001364

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816406]; symbol=AT2G18900; hit=AT2G18900; species=arabidopsis; confidence=high
产物Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816406]; symbol=AT2G18900; hit=AT2G18900; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G18900 (AT2G18900)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816406]
identity=57.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0609800 (OsWD40-199)
-
identity=51.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGGsmil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00400 (WD40); PF23769 (Beta-prop_WDR75_2nd); PF23869 (Beta-prop_WDR75_1st)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986058

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765313.1
2 Nucleolus 核仁 0.80000 XP_057765313.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765313.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765313.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765313.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:12123122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B3,B33,C24,C38
Chr5:12123860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr5:12124601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr5:12124666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,D6
Chr5:12124724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B10,B29,B67,C51
Chr5:12124810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr5:12124836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr5:12125192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr5:12125752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B79,C13
Chr5:12125801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B49,B54
Chr5:12127429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr5:12127800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B79,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765313.1
805 aa
N
1
402
805
Beta-prop_WDR75_1st
WD40
WD40
Beta-prop_WDR75_1st
WD40
Beta-prop_WDR75_2nd
WD40
WD40
C
PF23869 Beta-prop_WDR75_1st 15-240 aa PF00400 WD40 41-83 aa PF00400 WD40 206-235 aa PF23869 Beta-prop_WDR75_1st 271-342 aa PF00400 WD40 273-306 aa PF23769 Beta-prop_WDR75_2nd 394-640 aa PF00400 WD40 475-508 aa PF00400 WD40 536-563 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765313.1 Pfam PF23869 Beta-prop_WDR75_1st Repeat 15 240 2e-38 133.1 WD repeat-containing protein 75 first beta-propeller
XP_057765313.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 41 83 3.9e-24 84.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057765313.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 206 235 3.9e-24 84.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057765313.1 Pfam PF23869 Beta-prop_WDR75_1st Repeat 271 342 2e-38 133.1 WD repeat-containing protein 75 first beta-propeller
XP_057765313.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 273 306 3.9e-24 84.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057765313.1 Pfam PF23769 Beta-prop_WDR75_2nd Repeat 394 640 4.2e-38 131.7 WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller
XP_057765313.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 475 508 3.9e-24 84.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057765313.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 536 563 3.9e-24 84.8 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909330.1
AGGAAGACAAGCGGTAGAAAGGATTGAAAGGGGGGCTAGGGTTTATACATCAAAAGCCTAAACCCTCTTTCGTTCCCTCCATTACTAGAGAGAGAAAGTAGTAGTCGCGTGAGTAAAATGTTTACAGGCGGAAAGAGCTTCGTCTCTTCGCCGCCGGCGTTCTCAAATGACGCTAAGCGCCTCCTTGTTTGCACCGGCAACACCGTCTCCGTATTCAGCACCTCCACTGGTTTACAGACTTGTGAGTTGGAAGGGCACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986058
ATGTTTACAGGCGGAAAGAGCTTCGTCTCTTCGCCGCCGGCGTTCTCAAATGACGCTAAGCGCCTCCTTGTTTGCACCGGCAACACCGTCTCCGTATTCAGCACCTCCACTGGTTTACAGACTTGTGAGTTGGAAGGGCACGAGGCGCAAGTGACGTCGGTTATAGTCGTTCCGGCGTTTAACCCGGCGAGTAAAGTCTTGTGCTATTGCTGGACGGCGTCCCTCGATGGGAAGATCAAGTATTGGGACTTTGCCGCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765313.1
MFTGGKSFVSSPPAFSNDAKRLLVCTGNTVSVFSTSTGLQTCELEGHEAQVTSVIVVPAFNPASKVLCYCWTASLDGKIKYWDFAAPELMKTIDIRFPIHSMVIPSLLSQETDSIGKLPDLFAYICTEDVKQDGQPNSLGGQLRKCNLTKSRLVGGVTLAETRKPGYVTISPSGKYIGMYEKRKLRIWEIPAKDSEHLGYKKIRLHHTRSVTAMAFHPNERVVAAGDVTGRILIWRGVGRETFSSSKLSNGRLNTDAEDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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