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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001371

染色体: Chr05 坐标: 12227009-12229997 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001371
名称SmilChr05G001371
描述NAC domain-containing protein 21/22-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12227009 - 12229997 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986064
GeneID130986064
locus_tag-
NCBI NameLOC130986064
原始查询SmilChr05G001371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAC domain-containing protein 21/22-like
产物NAC domain-containing protein 21/22-like
ArabidopsisAT1G56010 (NAC1)
NAC domain containing protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842052]
identity=54.2; qcov=1.11; evalue=2.19e-106; confidence=high
RiceOs06g0675600 (OsY37)
-
identity=50.2; qcov=1.08; evalue=2.4e-93; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986064

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765326.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765326.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765326.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765326.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057765326.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:12227188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr5:12227194 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A9
Chr5:12227194 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 A9
Chr5:12227258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:12229583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C70
Chr5:12229632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B16,B69,C30
Chr5:12229710 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A21
Chr5:12229710 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765326.1
289 aa
N
1
144
289
NAM
C
PF02365 NAM 12-136 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765326.1 Pfam PF02365 NAM Family 12 136 8.4e-45 152.9 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909343.1
AATGAAGAAATGGGTGTGTATATATATGAGGCGTGTAAGGGGTGGCATTTGTTAGGCGCAGAGATAATAAGGTATATATAAAAGAGGAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAGTGGGGCAGAGTGACCGGAAAATAGAGAAAAAATATGAGCAGTTTGAGCAGCGTGGAGGCGAAGCTGCCGCCGGGATTTAGGTTTCACCCCAGAGACGAAGAACTTATTTGCGATTATCTTCTCAAATGGATCACCGGCGGCCCCCACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986064
ATGAGCAGTTTGAGCAGCGTGGAGGCGAAGCTGCCGCCGGGATTTAGGTTTCACCCCAGAGACGAAGAACTTATTTGCGATTATCTTCTCAAATGGATCACCGGCGGCCCCCACCCGCTGCCTCTCTTGATCCAAGTTGACCTTAACAAGTGCGAGCCTTGGGATATTCCAGATTATGCATGTGTGGGGGGCAAGGAGTGGTATTTTTACAGCCAAAGGGACCGAAAATACGCAACCGGGCTGCGAACAAATCGGGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765326.1
MSSLSSVEAKLPPGFRFHPRDEELICDYLLKWITGGPHPLPLLIQVDLNKCEPWDIPDYACVGGKEWYFYSQRDRKYATGLRTNRATVSGYWKATGKDRAIIRKGVLVGMRKTLVFYQGRAPKGRKTDWVMHEFRLEGPHGPGPKSLSPVKEDWVLCRVFFKSRSESPAKSEEAAGSSSYDVVNGPSLPPLTDPFFSLDEYHHEQVPCFSIFNTNPNLSLLNHMDPPQIPPPPIHDPSSCDEKMIKAVLNHLTRMESGND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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