Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001373`

染色体: Chr05 坐标: 12253839-12256034 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001373`
名称	SmilChr05G001373
描述	photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	12253839 - 12256034 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986066`
GeneID	`130986066`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986066`
原始查询	`SmilChr05G001373`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic
产物	photosystem II 10 kDa polypeptide%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G79040` (PSBR) photosystem II subunit R [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844245] identity=73.9; qcov=1; evalue=4.28e-68; confidence=high
Rice	`Os07g0147550` (OsPsbR2) - identity=62.3; qcov=1; evalue=2.78e-55; confidence=high
GO	GO:0009523 (photosystem II); GO:0009654 (photosystem II oxygen evolving complex); GO:0015979 (photosynthesis); GO:0042651 (thylakoid membrane)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04725 (PsbR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986066

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057765328.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057765328.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	1.00000	`XP_057765328.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765328.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765328.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:12253984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:12254124`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C2
`Chr5:12254443`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765328.1

138 aa

138

PsbR

PF04725 PsbR 40-137 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765328.1`	Pfam	`PF04725`	PsbR	Family	40	137	4.1e-51	172.1	Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909345.1
TATAAATTTAATATTTATTTGGATACAAATTAAAGTTTACTAATAAATTTAATATAAATGTGGCCACCTTCCCATTTTAGTTTGTCCCACTAAAAGTGGCCACTTTCTTAAAATATAAATATTTACTTTAATTTAGTCTAATTAATTAATCTAATTAAATCTAACTAAACCTACTAATTAAATAAACTCCCACCCAAAAGAATTCCTGCCTCCAACCGCCCACCACCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCCCCGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986066
ATGGCAAGCAGCATGATGAGTTCCGTGGCTTTGAAGCCGGCGTCCTTCTCCGCCGACAAGTCGGGCGTGCGAGGCCTGCCATCGCTCGCCAGAACCACCCCTTTCAGAGTGCAAGCCAGCGGCGGCAAGAAGATCAAGACCGACACACCTTATGGAACTGGCGGCGGCATGGACTTGCGAAATGGCCTCGACGCCTCCGGCCGGAAGCCTAAGGGAAAGGGCGTGTACCAGTTCGTGGACAAATACGGTGCTAACGTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765328.1
MASSMMSSVALKPASFSADKSGVRGLPSLARTTPFRVQASGGKKIKTDTPYGTGGGMDLRNGLDASGRKPKGKGVYQFVDKYGANVDGYSPIYDEKDWSPSGDVYVGGTTGLAIWAVTLLGILAGGALLVYNTSALAQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器