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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001393

染色体: Chr05 坐标: 12498882-12503214 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001393
名称SmilChr05G001393
描述receptor-like protein kinase BRI1-like 3
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12498882 - 12503214 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986084
GeneID130986084
locus_tag-
NCBI NameLOC130986084
原始查询SmilChr05G001393

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase BRI1-like 3
产物receptor-like protein kinase BRI1-like 3
ArabidopsisAT1G55610 (BRL1)
BRI1 like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842010]
identity=61.4; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0293500 (BRL1)
-
identity=57.6; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF20141 (Island)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986084

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057765342.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765342.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765342.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765342.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765342.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:12499714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C42
Chr5:12499754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B120,B3,B33,B71
Chr5:12499838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B64,C45,C48
Chr5:12499861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr5:12499902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B112,B51
Chr5:12499912 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr5:12499922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B136,B88,D9
Chr5:12499926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C81
Chr5:12500008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B64,C6
Chr5:12500019 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 55 A14,A2,A23,A24,A6,B100,B102,B106,B109,B111,B113,B119,B121,B13,B130,B134,B20,B26,B32,B35,B4,B40,B49,B53,B61,B64,B69,B7,B73,B75,B82,C12,C15,C22,C32,C34,C36,C42,C50,C51,C56,C6,C60,C64,C66,C68,C71,C74,C8,C82,C86,C9,D1,D11,D3
Chr5:12500036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B7
Chr5:12500077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765342.1
1218 aa
N
1
609
1218
LRRNT_2
LRR_4
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_6
LRR_6
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Island
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 46-86 aa PF12799 LRR_4 236-279 aa PF00560 LRR_1 237-256 aa PF13855 LRR_8 238-298 aa PF13855 LRR_8 261-321 aa PF13516 LRR_6 286-302 aa PF00560 LRR_1 287-304 aa PF13516 LRR_6 309-321 aa PF13516 LRR_6 360-376 aa PF13855 LRR_8 361-422 aa PF00560 LRR_1 362-384 aa PF00560 LRR_1 411-433 aa PF00560 LRR_1 436-455 aa PF00560 LRR_1 484-506 aa PF00560 LRR_1 533-555 aa PF00560 LRR_1 557-579 aa PF00560 LRR_1 581-603 aa PF20141 Island 629-693 aa PF00560 LRR_1 699-719 aa PF00560 LRR_1 722-743 aa PF00560 LRR_1 748-767 aa PF00560 LRR_1 770-786 aa PF00069 Pkinase 918-1186 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 920-1187 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765342.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 46 86 2.1e-11 44.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057765342.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 236 279 5.7e-49 163.8 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 237 256 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 238 298 1.9e-47 159.5 Leucine rich repeat
XP_057765342.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 261 321 1.9e-47 159.5 Leucine rich repeat
XP_057765342.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 286 302 3.6e-10 39.8 Leucine Rich repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 287 304 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 309 321 3.6e-10 39.8 Leucine Rich repeat
XP_057765342.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 360 376 3.6e-10 39.8 Leucine Rich repeat
XP_057765342.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 361 422 1.9e-47 159.5 Leucine rich repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 362 384 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 411 433 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 436 455 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 484 506 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 533 555 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 557 579 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 581 603 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF20141 Island Domain 629 693 5.4e-32 109.7 Brassinosteroid receptor island domain
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 699 719 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 722 743 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 748 767 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 770 786 3.6e-53 166.7 Leucine Rich Repeat
XP_057765342.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 918 1186 3.8e-44 151.8 Protein kinase domain
XP_057765342.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 920 1187 5.8e-43 147.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909359.1
AGTCAGCAAATAAACAAGAGGAAGACGTAGATGCCCCGTAACCCCTCCCTCTCTCTCTCTCTAAAAACAAAGAGAGAGAGAAAAGAAGAAAAAACGAATCAAATCCCAAGTTTGACCGGACCTCCAAAGTGAGAGCGACACAAAAGGCACCCCATTTCTTCCTCCCACAACTTCATCTTGCAGATTGATACTACTCCTATTTCTATTTGATTTTGAAAAACATGAAGATGGTATTGGGAAATCAAGAGCGAAAATGCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986084
ATGATGAACCACGAAACACTATCTCTATCTTCAGTGGTTGCGATTAAAGAAGCTGCTTTTCTCGTGATTCTATTGATGGGATTCTATCTCAGTGGATTAAATGCTAGAAGCTTGGCTTCAAAACCAGAAAGTAGCGGGGAGGTCGCCACGTTACTATCCTTCAGGCAATCTTCAATCCAAAGTGATCCCAAAGGCTTCTTGGCCAACTGGTCCCCATCATCTCCGACCCCGTGCTCCTGGAGCGGCGTCTCCTGCTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765342.1
MMNHETLSLSSVVAIKEAAFLVILLMGFYLSGLNARSLASKPESSGEVATLLSFRQSSIQSDPKGFLANWSPSSPTPCSWSGVSCSDDGRVYRLDFTNAGLVGRLHISHLTPLPALTTLIFTGNSLDGNLSSSSSPSSCSFESLDLSVNSFSEPLAADSLLNSCSKLAFLNLSHNSIPSATLKLGPALSQLDLSANKITDLGLLTWLLSSCQNLNLLNFSSNKLAGKLQTSFPLCKSLEVLDLSNNRLEGQVPPALLKNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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