当前解析结果
SmilChr05G001400| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001400 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001400 |
| 描述 | WPP domain-interacting protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 12591379 - 12595302 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986092 |
|---|---|
| GeneID | 130986092 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986092 |
| 原始查询 | SmilChr05G001400 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | WPP domain-interacting protein 1-like |
| 产物 | WPP domain-interacting protein 1-like |
| Arabidopsis | AT4G26455 (WIP1)WPP domain interacting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:7922386] identity=34; qcov=0.892; evalue=3.84e-49; confidence=low |
| Rice | Os09g0481300- identity=27.4; qcov=1.03; evalue=1.86e-31; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28487 (WIP_coiled_coil) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986092 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus membrane | 核膜 | 1.00000 | XP_057765357.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057765357.1 |
| 3 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057765357.1 |
| 4 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057765357.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765357.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:12591851 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B104,B71,C24,C61 |
Chr5:12592564 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,C70 |
Chr5:12592583 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,A3 |
Chr5:12592695 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,C70 |
Chr5:12594643 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B126,C8 |
Chr5:12594721 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B14,B42,B43,B75 |
Chr5:12594860 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B126 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765357.1PF28487
WIP_coiled_coil 363-436 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765357.1 |
Pfam | PF28487 |
WIP_coiled_coil | Domain | 363 | 436 | 1.8e-20 | 73.7 | WIP coiled-coil domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。