Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001402`

染色体: Chr05 坐标: 12608100-12612490 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001402`
名称	SmilChr05G001402
描述	high mobility group B protein 10
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	12608100 - 12612490 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986094`
GeneID	`130986094`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986094`
原始查询	`SmilChr05G001402`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	high mobility group B protein 10
产物	high mobility group B protein 10
Arabidopsis	`AT3G13350` (AT3G13350) HMG (high mobility group) box protein with ARID/BRIGHT DNA-binding domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820535] identity=53.2; qcov=1; evalue=1.25e-101; confidence=high
Rice	`Os02g0469900` (OsARID1) - identity=42.8; qcov=0.976; evalue=1.02e-71; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF00505 (HMG_box); PF01388 (ARID); PF09011 (HMG_box_2); PF27637 (MNM1_beta)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986094

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765359.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765359.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765359.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765359.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057765359.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:12609276`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B29,B3,B59,C38
`Chr5:12609436`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765359.1

297 aa

148

297

ARID

MNM1_beta

HMG_box_2

HMG_box

PF01388 ARID 31-115 aa PF27637 MNM1_beta 159-188 aa PF09011 HMG_box_2 220-289 aa PF00505 HMG_box 223-290 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765359.1`	Pfam	`PF01388`	ARID	Domain	31	115	2e-20	73.7	ARID/BRIGHT DNA binding domain
`XP_057765359.1`	Pfam	`PF27637`	MNM1_beta	Domain	159	188	2.1e-11	43.9	Metabolic network modulator 1 small beta sheet domain
`XP_057765359.1`	Pfam	`PF09011`	HMG_box_2	Domain	220	289	8.8e-10	39.8	HMG-box domain
`XP_057765359.1`	Pfam	`PF00505`	HMG_box	Domain	223	290	1.3e-12	48.6	HMG (high mobility group) box

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909376.1
GCGGCGTCGATTTCGAATATTGAAAAGGGGGTAAGAAATGGAAGGGTTTTAGGGGTAGAGTGAAAAAACCATTTTAATTCATAATTTTGGAATCGCTAATACACAGTAATCATTAAAATCCTATTTATCTCTACCATAATTGTTTGCTCTCCTAAATTAATAAAATGTCAAACGGCCCATCTTCGGAAACGCCTATGACAAACTACAGTTCCTATCCCAAACCCGAAGCTGAATATCAACAAATTATTCAAAACCCAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986094
ATGTCAAACGGCCCATCTTCGGAAACGCCTATGACAAACTACAGTTCCTATCCCAAACCCGAAGCTGAATATCAACAAATTATTCAAAACCCAGATATTTTCCTGCAGAAGCTTCGCGCTTTTCACGCTTTCTACGGCACCAAATTCCGGATCCCTACTGTGGGAGGGAGTTCTTTAGATCTACATCGACTTTTTATAGAGGTGACCTCTCGAGGTGGTATTGAAAAAGTTATAGGAGACCGCAGATGGAAGGAAGTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765359.1
MSNGPSSETPMTNYSSYPKPEAEYQQIIQNPDIFLQKLRAFHAFYGTKFRIPTVGGSSLDLHRLFIEVTSRGGIEKVIGDRRWKEVTAAFNFPTSITSASFVLRKYYLSSLYHFEQVYYFRKEKPPNKEAGQTLSYGDDDGAASEKLSASSNLGDGSLVSGTIDGKFDDGYLVTVKLGSEVLKGVLYHTPLEPDASQSRSTSDEPVHLTRRKNHTAFKDPAHPKRNRSGYTFFFAEQYQILRPSYHGQERAISKKIGQLW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器