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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001415

染色体: Chr05 坐标: 12772528-12790312 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001415
名称SmilChr05G001415
描述proteasome activator subunit 4
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12772528 - 12790312 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986105
GeneID130986105
locus_tag-
NCBI NameLOC130986105
原始查询SmilChr05G001415

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述proteasome activator subunit 4
产物proteasome activator subunit 4
ArabidopsisAT3G13330 (PA200)
proteasome activating protein 200 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820533]
identity=68.7; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0301300
-
identity=60.6; qcov=0.353; evalue=0; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0010499 (proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process); GO:0016504 (peptidase activator activity); GO:0070577 (GO:0070577); GO:0070628 (proteasome binding)
KEGGsmil03050 (Proteasome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF11919 (PSME4_C); PF16507 (HEAT_PSME4_mid); PF23096 (HEAT_PSME4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986105

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765373.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057765373.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765373.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765373.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765373.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:12772768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr5:12772818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B59,C38
Chr5:12772823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:12774966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr5:12774969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr5:12774972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:12775011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B3,B59,C38,D10
Chr5:12775029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B3,B59,C38,D10
Chr5:12775036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B3,B59,C38,C79
Chr5:12775187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B59,C38,C79,D10
Chr5:12775194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr5:12776850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765373.1
1807 aa
N
1
904
1807
HEAT_PSME4_mid
HEAT_PSME4_mid
HEAT_PSME4
PSME4_C
C
PF16507 HEAT_PSME4_mid 310-503 aa PF16507 HEAT_PSME4_mid 516-821 aa PF23096 HEAT_PSME4 1285-1376 aa PF11919 PSME4_C 1722-1807 aa
XP_057765375.1
1740 aa
N
1
870
1740
HEAT_PSME4_mid
HEAT_PSME4_mid
HEAT_PSME4
PSME4_C
C
PF16507 HEAT_PSME4_mid 243-436 aa PF16507 HEAT_PSME4_mid 449-754 aa PF23096 HEAT_PSME4 1218-1309 aa PF11919 PSME4_C 1655-1740 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765373.1 Pfam PF16507 HEAT_PSME4_mid Repeat 310 503 2.6e-54 185.6 Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region
XP_057765373.1 Pfam PF16507 HEAT_PSME4_mid Repeat 516 821 2.6e-54 185.6 Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region
XP_057765373.1 Pfam PF23096 HEAT_PSME4 Repeat 1285 1376 6.3e-05 23.0 Proteasome activator complex subunit 4-like, HEAT repeat-like
XP_057765373.1 Pfam PF11919 PSME4_C Domain 1722 1807 2.4e-29 101.8 Proteasome activator complex subunit 4-like, C-terminal
XP_057765375.1 Pfam PF16507 HEAT_PSME4_mid Repeat 243 436 2.3e-54 185.7 Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region
XP_057765375.1 Pfam PF16507 HEAT_PSME4_mid Repeat 449 754 2.3e-54 185.7 Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region
XP_057765375.1 Pfam PF23096 HEAT_PSME4 Repeat 1218 1309 5.9e-05 23.1 Proteasome activator complex subunit 4-like, HEAT repeat-like
XP_057765375.1 Pfam PF11919 PSME4_C Domain 1655 1740 1.9e-29 102.1 Proteasome activator complex subunit 4-like, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909390.1
TTTGAAATATTTAGGAGTGGAAGTCTTACCTCGGATTTAGTTGCCATTAATAATTCGTAGCCGTCATCACTTCCGGTAACAAGTCGGAATTTGTCTCTGTTTCTTGTCCCAAAAGAAAGACTCGCTTATATATCTGTATCTATTACCCCAATACTTCTCTTCCAGGGATTTCATTTCACTTTTTTTTCTCTTTCTGCACCACTATGCATCTTTACAACGCATGGCTGCCGCCGCCCGTGGCGGAGGATACGAAGCGTGAG...
XM_057909392.1
GCTGCCGCCGCCCGTGGCGGAGGATACGAAGCGTGAGAAGGAGGCATTCGCCGGAGTCGTCAAGTCCGTTAAGGACTCTTACAATCCTGATGATTCCGAATCGGTTTACTCTACTCTCAAATGGGTGTCCGTCATTGACCTTTTTGTGAAGGCCAAAAGTGACTTAATGGTTGAAGATGTTTCCGCCATTGTCGAAATTGGGTTGCAACTGTTTCAAGTATCAGATAACAAGCTATATGCACAGATGGGGAAACATTCTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986105
ATGCATCTTTACAACGCATGGCTGCCGCCGCCCGTGGCGGAGGATACGAAGCGTGAGAAGGAGGCATTCGCCGGAGTCGTCAAGTCCGTTAAGGACTCTTACAATCCTGATGATTCCGAATCGGTTTACTCTACTCTCAAATGGGTGTCCGTCATTGACCTTTTTGTGAAGGCCAAAAGTGACTTAATGGTTGAAGATGTTTCCGCCATTGTCGAAATTGGGTTGCAACTGTTTCAAGTATCAGATAACAAGCTATATGC...
LOC130986105
ATGTTTCCGCCATTGTCGAAATTGGGTTGCAACTGTTTCAAGTATCAGATAACAAGCTATATGCACAGATGGGGAAACATTCTAGTGAAATTGTTGAACAAGTACAGGAAAAAGTTATCCTTACAAGTCCAGTGGAGGCCTCTATATGATATTTTGATTCACACACACTTTACAAGGAATACTGGCCCTGAAGGATGGAGAGTCAGACAACGACATTTTGAAACAGTTACTTCCCTTGTTCGGTCTTGCCGAAGATTCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765373.1
MHLYNAWLPPPVAEDTKREKEAFAGVVKSVKDSYNPDDSESVYSTLKWVSVIDLFVKAKSDLMVEDVSAIVEIGLQLFQVSDNKLYAQVRWGNILVKLLNKYRKKLSLQVQWRPLYDILIHTHFTRNTGPEGWRVRQRHFETVTSLVRSCRRFFPAGSASEIWSEFRSLMENPWHNASFEGAGFVRLFLPTNFENQDFFKDEWIRKCLDHWTSIPNCQFWNSQWASVTARVIKNYKFIDWESFLPDLFNIYLNMFEVPVA...
XP_057765375.1
MFPPLSKLGCNCFKYQITSYMHRWGNILVKLLNKYRKKLSLQVQWRPLYDILIHTHFTRNTGPEGWRVRQRHFETVTSLVRSCRRFFPAGSASEIWSEFRSLMENPWHNASFEGAGFVRLFLPTNFENQDFFKDEWIRKCLDHWTSIPNCQFWNSQWASVTARVIKNYKFIDWESFLPDLFNIYLNMFEVPVANGSGSYPFSIDVPRNTRFLFANRSVTPSKAIAKSIVYLLKHGGSAQRHFAKLANLLEQYYHPSNGGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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