Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001416

染色体: Chr05 坐标: 12790333-12792833 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001416
名称SmilChr05G001416
描述probable amino acid permease 7
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12790333 - 12792833 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986106
GeneID130986106
locus_tag-
NCBI NameLOC130986106
原始查询SmilChr05G001416

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable amino acid permease 7
产物probable amino acid permease 7
ArabidopsisAT5G23810 (AAP7)
amino acid permease 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832446]
identity=51.3; qcov=0.985; evalue=1.91e-156; confidence=high
RiceOs04g0470700 (OsAAP7A)
-
identity=51.7; qcov=0.944; evalue=1.72e-166; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
PfamPF01490 (Aa_trans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986106

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057765376.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057765376.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057765376.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765376.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765376.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:12790462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr5:12790499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B91
Chr5:12790649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:12790700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr5:12790775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B110,B63,B88,B95
Chr5:12790798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B61,B8
Chr5:12790805 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr5:12791271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B131
Chr5:12791297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B33,B68,C48
Chr5:12791356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B33,B68,C48
Chr5:12792261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:12792666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B140,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765376.1
463 aa
N
1
232
463
Aa_trans
C
PF01490 Aa_trans 38-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765376.1 Pfam PF01490 Aa_trans Domain 38 457 1.5e-91 307.8 Transmembrane amino acid transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909393.1
AATGCGTATGTATTAAAAATATCACTTCAAACAAAAAACAACAATAAAAATTGCGTGTGGCGTACTCAAAATATTTTCTCACTTCAAGTCTTCAACCTCGGCCTAACTGAATTCTTACTTTTGCACTCTGTCATGACATTTGAATTTGATGAAGATGGTCAGAACTCCAATTTGTTATCCCACTCTTCTTCTTCTTCTCCAACTTCATCTTCATCATATGCACTTATGAACCATGACCACAAGACAGGGACGATTTGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986106
ATGACATTTGAATTTGATGAAGATGGTCAGAACTCCAATTTGTTATCCCACTCTTCTTCTTCTTCTCCAACTTCATCTTCATCATATGCACTTATGAACCATGACCACAAGACAGGGACGATTTGGACTGCACTTTCGCATATAATAACGGCAGTGATCGGCTCCGGTGTGCTGGCGCTGTCATGGAGCATGTCCCAGCTTGGATGGATTGCTGGCCCACTCACCATGTTGGCCTTTGCTTCAGTCACCCTTACTTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765376.1
MTFEFDEDGQNSNLLSHSSSSSPTSSSSYALMNHDHKTGTIWTALSHIITAVIGSGVLALSWSMSQLGWIAGPLTMLAFASVTLTSAFLLCHCYKSLDGLHTNASYLEAVGRILGKRSALVCGVIVQINFIKVGVVYTITSSISMRAIQMSNCYHKEGHEAACDYGTTYYILIFGMIQVIVSQIPDFRNIKWLSVIAATMSFAYATIGSALGLAKVIENREIRGDIEGVPASNTADKVWSVAQALGDLAFAFPFSVIFLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器