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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001451

染色体: Chr05 坐标: 13252643-13257487 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001451
名称SmilChr05G001451
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13252643 - 13257487 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025534
GeneID131025534
locus_tag-
NCBI NameLOC131025534
原始查询SmilChr05G001451

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 1-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 1-like
ArabidopsisAT4G38180 (FRS5)
FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974]
identity=31.9; qcov=0.439; evalue=9.17e-14; confidence=low
RiceOs03g0655600
-
identity=32.7; qcov=0.406; evalue=5.19e-14; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025534

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811310.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811310.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811310.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811310.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811310.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13252658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C21
Chr5:13252730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr5:13252821 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B132,B22,C70
Chr5:13252821 AAG A 2bp_deletion CDS_variant 3 B132,B22,C70
Chr5:13256909 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B38,B39
Chr5:13256915 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 14 A5,B22,B48,B49,B58,B66,B89,B99,C18,C44,C53,C60,C87,D7
Chr5:13256917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr5:13256950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B67,C4
Chr5:13256977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C43
Chr5:13256985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B36,D5
Chr5:13257004 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B109,C79
Chr5:13257004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955327.1
ATGTCAAACAACCCCATTGAGCAGCACACATCTGATATATACACGAAGAAGATTTTCTTGGAAGTGCAGGTAGAGATTATTGAGGCACTCAATCGTTGCTGCATTAAGTCTATGGACACAGGTCATGCAGAGCATAAGTATTTTGTTGACGATCGATCAAGCGGTGTATTCTTTGTGGCTCATAACATGGTAGATGACACAATAGTTTGCTCATGCAAAAAGTTTGTGAAGGTTGGATTGGTTTGCCGACATATGTTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025534
ATGTCAAACAACCCCATTGAGCAGCACACATCTGATATATACACGAAGAAGATTTTCTTGGAAGTGCAGGTAGAGATTATTGAGGCACTCAATCGTTGCTGCATTAAGTCTATGGACACAGGTCATGCAGAGCATAAGTATTTTGTTGACGATCGATCAAGCGGTGTATTCTTTGTGGCTCATAACATGGTAGATGACACAATAGTTTGCTCATGCAAAAAGTTTGTGAAGGTTGGATTGGTTTGCCGACATATGTTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811310.1
MSNNPIEQHTSDIYTKKIFLEVQVEIIEALNRCCIKSMDTGHAEHKYFVDDRSSGVFFVAHNMVDDTIVCSCKKFVKVGLVCRHMFVVMHNIGLKSIPQKYIVGRWLKDAGASVITSDGRKAQNKPLVSEAFRCIAIAEGNESLTESLLNELKSWADANETQPTNSVSAKERTFQMFYGAKLPTEINVHPPDPVKTKGKIDPAYFERKKCSLLNAFENRDFGHPFGVGDVFSGVSARVTRTASSFPVRRGLFSSSDIFSK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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