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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001459`

染色体: Chr05 坐标: 13326718-13330522 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001459`
名称	SmilChr05G001459
描述	exosome complex component RRP45A-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	13326718 - 13330522 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986149`
GeneID	`130986149`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986149`
原始查询	`SmilChr05G001459`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	exosome complex component RRP45A-like
产物	exosome complex component RRP45A-like
Arabidopsis	`AT3G60500` (CER7) 3'-5'-exoribonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825221] identity=62.5; qcov=0.861; evalue=1.57e-166; confidence=high
Rice	`Os02g0550700` (OsCER7) - identity=68.8; qcov=0.727; evalue=7.22e-157; confidence=high
GO	GO:0000176 (nuclear exosome (RNase complex)); GO:0000177 (cytoplasmic exosome (RNase complex)); GO:0000467 (exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0034427 (GO:0034427); GO:0034473 (U1 snRNA 3'-end processing); GO:0034475 (U4 snRNA 3'-end processing); GO:0034476 (U5 snRNA 3'-end processing); GO:0043928 (GO:0043928); GO:0071028 (nuclear mRNA surveillance); GO:0071035 (nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process); GO:0071038 (TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway); GO:0071042 (nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01138 (RNase_PH); PF03725 (RNase_PH_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986149

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765425.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057765425.1`
3	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057765425.1`
4	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057765425.1`
5	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.20000	`XP_057765425.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:13327773`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A11
`Chr5:13327773`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A11
`Chr5:13327776`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr5:13327777`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr5:13327780`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A11
`Chr5:13327780`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A11
`Chr5:13328899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C23
`Chr5:13329298`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:13329872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B117,B46,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765425.1

440 aa

220

440

RNase_PH

RNase_PH_C

PF01138 RNase_PH 37-168 aa PF03725 RNase_PH_C 197-263 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765425.1`	Pfam	`PF01138`	RNase_PH	Domain	37	168	4.5e-26	92.5	3' exoribonuclease family, domain 1
`XP_057765425.1`	Pfam	`PF03725`	RNase_PH_C	Domain	197	263	3.3e-14	53.3	3' exoribonuclease family, domain 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009089179.1
CATAACAACGTTAACAGAAAAACCCTAAAGAATCTAAAACCCTTTGCTGTGGTTCTAACATCCAACGATTCACACCATCGTCGGCGGTGCCGCCACCTATCCCCACCTCAATCTCCAAAGCCGAAGAGAATAACCAATTATGGAGCAGCGGTTGCCCAATTCCTGGCGGATGACCGTCAATGACAAGAACTTCATTCAAACAGCACTGCTCTCCGACCTCCGAACTGACGGTCGTGGCCCTTTTGATTACCGAAACCTAA...

XM_057909442.1
CATAACAACGTTAACAGAAAAACCCTAAAGAATCTAAAACCCTTTGCTGTGGTTCTAACATCCAACGATTCACACCATCGTCGGCGGTGCCGCCACCTATCCCCACCTCAATCTCCAAAGCCGAAGAGAATAACCAATTATGGAGCAGCGGTTGCCCAATTCCTGGCGGATGACCGTCAATGACAAGAACTTCATTCAAACAGCACTGCTCTCCGACCTCCGAACTGACGGTCGTGGCCCTTTTGATTACCGAAACCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986149
ATGGAGCAGCGGTTGCCCAATTCCTGGCGGATGACCGTCAATGACAAGAACTTCATTCAAACAGCACTGCTCTCCGACCTCCGAACTGACGGTCGTGGCCCTTTTGATTACCGAAACCTAACTATCCAGTTTGGCAGTGAAGATGGCTCATCAGAAGTCCAGCTAGGCCAGACTCGCGTAATGGGGTTTGTAACATCACAACTAGTGCAACCTTACCGTGATCGCCCTAATGAAGGTACTCTTGCCATATTTACTGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765425.1
MEQRLPNSWRMTVNDKNFIQTALLSDLRTDGRGPFDYRNLTIQFGSEDGSSEVQLGQTRVMGFVTSQLVQPYRDRPNEGTLAIFTEFSPMADPSFEVGRTGESAVELGRIVDRGLRESRAIDTESLCVVAGKWVWSIRIDLHILDNGGNLVDAANIAALAALLTFRRPECTLGGEDGQAVIIHPPEVREPLPLIVHHLPVAVTFAFIGNESRVIVDPSHFEEAVMGGKLTATLNTNGDVCAIQKAGGEGVMQSVVMQCLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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