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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001474

染色体: Chr05 坐标: 13505661-13512527 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001474
名称SmilChr05G001474
描述uncharacterized SmilChr05G001474
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13505661 - 13512527 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986163
GeneID130986163
locus_tag-
NCBI NameLOC130986163
原始查询SmilChr05G001474

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NOL1/NOP2/sun family protein / antitermination NusB domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820508]; symbol=AT3G13180; hit=AT3G13180; species=arabidopsis; confidence=high
产物NOL1/NOP2/sun family protein / antitermination NusB domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820508]; symbol=AT3G13180; hit=AT3G13180; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G13180 (AT3G13180)
NOL1/NOP2/sun family protein / antitermination NusB domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820508]
identity=74.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0477900
-
identity=69.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0001510 (RNA methylation); GO:0003723 (RNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01029 (NusB); PF01189 (Methyltr_RsmB-F); PF22458 (RsmF-B_ferredox)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986163

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057765445.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057765446.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057765446.1
4 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057765445.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057765446.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13505674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,D4
Chr5:13505751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,B53
Chr5:13507781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr5:13507816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B2,B23,B75,D1
Chr5:13509166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr5:13510837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765445.1
555 aa
N
1
278
555
NusB
RsmF-B_ferredox
Methyltr_RsmB-F
C
PF01029 NusB 123-228 aa PF22458 RsmF-B_ferredox 259-333 aa PF01189 Methyltr_RsmB-F 357-551 aa
XP_057765446.1
457 aa
N
1
228
457
NusB
RsmF-B_ferredox
Methyltr_RsmB-F
C
PF01029 NusB 26-130 aa PF22458 RsmF-B_ferredox 161-235 aa PF01189 Methyltr_RsmB-F 259-453 aa
XP_057765448.1
457 aa
N
1
228
457
NusB
RsmF-B_ferredox
Methyltr_RsmB-F
C
PF01029 NusB 26-130 aa PF22458 RsmF-B_ferredox 161-235 aa PF01189 Methyltr_RsmB-F 259-453 aa
XP_057765449.1
457 aa
N
1
228
457
NusB
RsmF-B_ferredox
Methyltr_RsmB-F
C
PF01029 NusB 26-130 aa PF22458 RsmF-B_ferredox 161-235 aa PF01189 Methyltr_RsmB-F 259-453 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765445.1 Pfam PF01029 NusB Domain 123 228 9.2e-21 75.3 NusB family
XP_057765445.1 Pfam PF22458 RsmF-B_ferredox Domain 259 333 3.4e-09 37.4 Methyltr_RsmF/B-like, ferredoxin-like domain
XP_057765445.1 Pfam PF01189 Methyltr_RsmB-F Domain 357 551 6.2e-50 170.4 16S rRNA methyltransferase RsmB/F
XP_057765446.1 Pfam PF01029 NusB Domain 26 130 6.8e-21 75.8 NusB family
XP_057765446.1 Pfam PF22458 RsmF-B_ferredox Domain 161 235 2.2e-09 38.0 Methyltr_RsmF/B-like, ferredoxin-like domain
XP_057765446.1 Pfam PF01189 Methyltr_RsmB-F Domain 259 453 5.4e-50 170.6 16S rRNA methyltransferase RsmB/F
XP_057765448.1 Pfam PF01029 NusB Domain 26 130 6.8e-21 75.8 NusB family
XP_057765448.1 Pfam PF22458 RsmF-B_ferredox Domain 161 235 2.2e-09 38.0 Methyltr_RsmF/B-like, ferredoxin-like domain
XP_057765448.1 Pfam PF01189 Methyltr_RsmB-F Domain 259 453 5.4e-50 170.6 16S rRNA methyltransferase RsmB/F
XP_057765449.1 Pfam PF01029 NusB Domain 26 130 6.8e-21 75.8 NusB family
XP_057765449.1 Pfam PF22458 RsmF-B_ferredox Domain 161 235 2.2e-09 38.0 Methyltr_RsmF/B-like, ferredoxin-like domain
XP_057765449.1 Pfam PF01189 Methyltr_RsmB-F Domain 259 453 5.4e-50 170.6 16S rRNA methyltransferase RsmB/F

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909462.1
ATGGAGGCAGTGCGCTCTCCTTTATCACTCTTCCCTGAGATTAGGTATACAGTTTCGATTTCAGCGCCTGCGGGAATTGTGAGTGCAGCTGTGCCAAGGGTTGTCTGCTCTACTTGTGTCGCAGAGGTGAAGCATAACAAGCGGAGGACTTTCAGAGACAACTCGGCTACAACTTCGACCACTAGAATTAAAACCGGTCGTCCACAAACTTCAACTACTGGAGGTAGAGGAGGCAATGCTCGGAAGCTGAATTTGGAAAT...
XM_057909466.1
TGCCAAGGGTTGTCTGCTCTACTTGTGTCGCAGAGGTGAAGCATAACAAGCGGAGGACTTTCAGAGACAACTCGGCTACAACTTCGACCACTAGAATTAAAACCGGTCGTCCACAAACTTCAACTACTGGAGGTAGAGGAGTCATTCCAATGGTGCAGGCAATGCTCGGAAGCTGAATTTGGAAATATCGCCTCATAGAGCTGTTCATGTTGCCTATGTAGCAGTACTGCAATAGCAATAAACTATGAGCGCGGGAAGTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986163
ATGGAGGCAGTGCGCTCTCCTTTATCACTCTTCCCTGAGATTAGGTATACAGTTTCGATTTCAGCGCCTGCGGGAATTGTGAGTGCAGCTGTGCCAAGGGTTGTCTGCTCTACTTGTGTCGCAGAGGTGAAGCATAACAAGCGGAGGACTTTCAGAGACAACTCGGCTACAACTTCGACCACTAGAATTAAAACCGGTCGTCCACAAACTTCAACTACTGGAGGTAGAGGAGGCAATGCTCGGAAGCTGAATTTGGAAAT...
LOC130986163
ATGCGGATTGAGCTTGGTGGTGCATTTGCTGACCTGTTGAATGAGCAAGGCAAGGGTTCAGGGGATAATGAGATGGGATATGTTGAGAGAACTCTTGGCTTCCGTACCCGTCATCTAGAAGATAGAGATCTTCGGCTGGTTACAGAAATTGTTGGGGGTACCACCCGTTGGAAAAGATACCTTGATCATTTGATTCTTTCCCTTTGTCATGATGAAAACACCATCAGAAATATGGAACCTCTTCTACTTCAGATTCTTCG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057765445.1
MEAVRSPLSLFPEIRYTVSISAPAGIVSAAVPRVVCSTCVAEVKHNKRRTFRDNSATTSTTRIKTGRPQTSTTGGRGGNARKLNLEISPHRAVSAVRLMRIELGGAFADLLNEQGKGSGDNEMGYVERTLGFRTRHLEDRDLRLVTEIVGGTTRWKRYLDHLILSLCHDENTIRNMEPLLLQILRIGFYEILKLEMPPYAVVDENVKLAKAALRVGAGNMVNALLRKLVLLKEKSLLPEPKVDGDDRQRARALATIHSHP...
XP_057765446.1
MRIELGGAFADLLNEQGKGSGDNEMGYVERTLGFRTRHLEDRDLRLVTEIVGGTTRWKRYLDHLILSLCHDENTIRNMEPLLLQILRIGFYEILKLEMPPYAVVDENVKLAKAALRVGAGNMVNALLRKLVLLKEKSLLPEPKVDGDDRQRARALATIHSHPVWMVRRWINHLGLDEAIKFMTWNNTDPGFSIRANTGKGFTRADLVGELEKLKVPYELSQHLDDFVRIRTGMQVIIQAGLLKKGFCSVQDESAGLVVTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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