当前解析结果
SmilChr05G001475| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001475 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001475 |
| 描述 | early nodulin-like protein 5 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 13512575 - 13513464 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986166 |
|---|---|
| GeneID | 130986166 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986166 |
| 原始查询 | SmilChr05G001475 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 5 |
| 产物 | early nodulin-like protein 5 |
| Arabidopsis | AT3G18590 (ENODL5)early nodulin-like protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821390] identity=48.3; qcov=0.663; evalue=1.49e-34; confidence=medium |
| Rice | Os06g0286228 (OsENODL16)- identity=45.4; qcov=0.806; evalue=6.41e-33; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986166 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057765460.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765460.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765460.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765460.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765460.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:13512713 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr5:13512752 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr5:13512757 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C18,C28,C29,C33 |
Chr5:13512795 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D5 |
Chr5:13512796 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A22,B113,B139,D11 |
Chr5:13512806 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr5:13512844 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
Chr5:13512940 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B61 |
Chr5:13513054 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A22,B113,B139,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765460.1PF02298
Cu_bind_like 40-117 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765460.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 40 | 117 | 8.3e-22 | 77.7 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。