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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001481

染色体: Chr05 坐标: 13586828-13587731 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001481
名称SmilChr05G001481
描述protein TIC 20-v, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13586828 - 13587731 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986173
GeneID130986173
locus_tag-
NCBI NameLOC130986173
原始查询SmilChr05G001481

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TIC 20-v, chloroplastic
产物protein TIC 20-v%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G55710 (Tic20-V)
TIC 20-v-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835665]
identity=80.2; qcov=0.784; evalue=8.87e-94; confidence=high
RiceOs02g0726600
-
identity=60.3; qcov=0.638; evalue=7.54e-46; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF16166 (TIC20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986173

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057765470.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057765470.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057765470.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.40000 XP_057765470.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765470.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13587011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr5:13587092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B93,C32,C68,D4
Chr5:13587499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B29,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765470.1
213 aa
N
1
106
213
TIC20
C
PF16166 TIC20 66-208 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765470.1 Pfam PF16166 TIC20 Family 66 208 2.5e-52 178.0 Chloroplast import apparatus Tic20-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909487.1
TCTAGCAGATATGGTCCAATAAAGAGCCCATAATTCTCTTCCTAACATCTCAACTCAGATATCTGTGATTCTGCAATCTCCAAACAACGCTCTTCAATCTCGGCCATCCCCTCTCTCTCTCTCTCTAGAGATGGCCATGAGTTACCTTGTGGTCTTTCCCTCCACCACACCTAATAACCGAGCTCTTTCATTTTCGCCTCCAAAACTCACGCTCACGAACCCTCCGTCCCCACTCATCCACGTCCCTACTCTACCCTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986173
ATGGCCATGAGTTACCTTGTGGTCTTTCCCTCCACCACACCTAATAACCGAGCTCTTTCATTTTCGCCTCCAAAACTCACGCTCACGAACCCTCCGTCCCCACTCATCCACGTCCCTACTCTACCCTCGCGAATCCCCAAAAGGTCAAGCTTCGCCGCCCATTCCAAGGGCAGCAACTCCGCCGACGCGCCTGACCGCCTAATCTCGGCCATGGTCTACTTCTACCCCTTCTTCGACGGCGTCCAGTACGGAAAATACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765470.1
MAMSYLVVFPSTTPNNRALSFSPPKLTLTNPPSPLIHVPTLPSRIPKRSSFAAHSKGSNSADAPDRLISAMVYFYPFFDGVQYGKYIITQFSPFQALIQPLVPAIRVFKSFPFNGFLVFLTLYFVVVRNQNFSRYVRFNTMQAIVLDVLLIFPDLLERTFNPRDGVGLDVLMSLDSTVFLFLLVSLIYGSSACLLGNLPRLPLVADAADRQVL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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