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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001486

染色体: Chr05 坐标: 13620632-13624806 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001486
名称SmilChr05G001486
描述cysteine synthase 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13620632 - 13624806 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986179
GeneID130986179
locus_tag-
NCBI NameLOC130986179
原始查询SmilChr05G001486

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cysteine synthase 2
产物cysteine synthase 2
ArabidopsisAT1G55880 (AT1G55880)
Pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842038]
identity=78.1; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0215800
-
identity=73.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004124 (cysteine synthase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006535 (GO:0006535)
KEGGsmil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00920 (Sulfur metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01320 (Sulfur cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00291 (PALP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986179

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765475.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765476.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057765474.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.60000 XP_057765473.1
5 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057765474.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13621060 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 12 A6,B100,B104,B30,B71,B78,B85,B86,C23,C32,C36,C68
Chr5:13621852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:13622691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:13622741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C12,C14,C45,C47
Chr5:13623015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:13623114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B58,B74,C58,C75
Chr5:13623411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:13623472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:13623495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:13624360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:13624426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B33,B68,C48,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765473.1
443 aa
N
1
222
443
PALP
C
PF00291 PALP 49-389 aa
XP_057765474.1
432 aa
N
1
216
432
PALP
C
PF00291 PALP 49-389 aa
XP_057765475.1
379 aa
N
1
190
379
PALP
C
PF00291 PALP 4-325 aa
XP_057765476.1
368 aa
N
1
184
368
PALP
C
PF00291 PALP 4-325 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765473.1 Pfam PF00291 PALP Family 49 389 2.2e-62 211.8 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
XP_057765474.1 Pfam PF00291 PALP Family 49 389 2e-62 211.9 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
XP_057765475.1 Pfam PF00291 PALP Family 4 325 6.3e-55 187.3 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
XP_057765476.1 Pfam PF00291 PALP Family 4 325 5.5e-55 187.5 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909491.1
AGCCCAACCCAATTGCAAATTTGAGGCCTTCTCACTGGTAGTGAGGAAATACAAATACAGCCGACCGTTTGTTGGGCGGTACCCGCGATGGTGGCGCTCGCGAGAACTGCCGGCGCCGCCGTTACTGCTCTCTCTCTCATCGGTCTCCTCTCCTACATAATTATACATAACACTAAGTCTCGCTTAAAACCTAGGAGCAGAAAGGCCGCAGTCAAAAAGGGTGTCGTCGCCGCCATTGGCAACACTCCTCTCATCAGGAT...
XM_057909490.1
AGCCCAACCCAATTGCAAATTTGAGGCCTTCTCACTGGTAGTGAGGAAATACAAATACAGCCGACCGTTTGTTGGGCGGTACCCGCGATGGTGGCGCTCGCGAGAACTGCCGGCGCCGCCGTTACTGCTCTCTCTCTCATCGGTCTCCTCTCCTACATAATTATACATAACACTAAGTCTCGCTTAAAACCTAGGAGCAGAAAGGCCGCAGTCAAAAAGGGTGTCGTCGCCGCCATTGGCAACACTCCTCTCATCAGGAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986179
ATGGTGGCGCTCGCGAGAACTGCCGGCGCCGCCGTTACTGCTCTCTCTCTCATCGGTCTCCTCTCCTACATAATTATACATAACACTAAGTCTCGCTTAAAACCTAGGAGCAGAAAGGCCGCAGTCAAAAAGGGTGTCGTCGCCGCCATTGGCAACACTCCTCTCATCAGGATCGACAGCCTCTCCGACGCCACTGGATGCGAGATTTTGGGGAAAGCGGAGTTTTTGAATCCTGGAGGTAGCGTCAAAGATAGAGTGGC...
LOC130986179
ATGCGAGGTGAGATTTTGGGGAAAGCGGAGTTTTTGAATCCTGGAGGTAGCGTCAAAGATAGAGTGGCACTGAAAATTATCCAAGAGGCTCTGGAATGTGGAGCTCTATCTCCTGGAGGAGTGGTCACTGAAGGCAGTGCTGGAAGCACAGCCATCAGTCTTGCAACCGTGGCTCCTGCTTTTGGATGCAGTTGCCATGTAGTTATCCCGGATGATGCTGCTATCGAGAAGTCTCAAATCCTGGAAGCTCTTGGTGCCAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057765473.1
MVALARTAGAAVTALSLIGLLSYIIIHNTKSRLKPRSRKAAVKKGVVAAIGNTPLIRIDSLSDATGCEILGKAEFLNPGGSVKDRVALKIIQEALECGALSPGGVVTEGSAGSTAISLATVAPAFGCSCHVVIPDDAAIEKSQILEALGATVERVRPVSITHKDHFVNIARRRAHEANELASKYQDLSEIDNNINQLNDTDAAFETNSSKYLTNCKGGFFADQFENLANFRAHHEGTGPEIWEQVGGKLDAFVAAAGTGG...
XP_057765474.1
MVALARTAGAAVTALSLIGLLSYIIIHNTKSRLKPRSRKAAVKKGVVAAIGNTPLIRIDSLSDATGCEILGKAEFLNPGGSVKDRVALKIIQEALECGALSPGGVVTEGSAGSTAISLATVAPAFGCSCHVVIPDDAAIEKSQILEALGATVERVRPVSITHKDHFVNIARRRAHEANELASKYQDLSEIDNNINQLNDTDAAFETNSSKYLTNCKGGFFADQFENLANFRAHHEGTGPEIWEQVGGKLDAFVAAAGTGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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