Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001487

染色体: Chr05 坐标: 13636051-13639830 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001487
名称SmilChr05G001487
描述meiotic recombination protein SPO11-1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13636051 - 13639830 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986180
GeneID130986180
locus_tag-
NCBI NameLOC130986180
原始查询SmilChr05G001487

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述meiotic recombination protein SPO11-1
产物meiotic recombination protein SPO11-1
ArabidopsisAT3G13170 (ATSPO11-1)
Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820506]
identity=62.1; qcov=0.919; evalue=7.37e-147; confidence=high
RiceOs03g0752200 (OsTOP6A1)
meiotic recombination protein SPO11-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:9267055]
identity=55.8; qcov=0.899; evalue=2.47e-110; confidence=high
GOGO:0000228 (nuclear chromosome); GO:0000706 (meiotic DNA double-strand break processing); GO:0003677 (DNA binding); GO:0003918 (DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007131 (reciprocal meiotic recombination); GO:0042138 (meiotic DNA double-strand break formation)
KEGG-
PfamPF04406 (TP6A_N); PF21180 (TOP6A-Spo11_Toprim)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986180

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057765478.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057765479.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057765478.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057765478.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765480.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13636363 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C21
Chr5:13636363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr5:13636407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B33,B68,C48
Chr5:13636706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B61,B68,B8,C48
Chr5:13636985 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B11
Chr5:13636985 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 1 B11
Chr5:13637007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,B8
Chr5:13639652 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B63,C54
Chr5:13639652 GA G 1bp_deletion CDS_variant 2 B63,C54
Chr5:13639740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:13639770 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 4 A11,B33,B68,C48
Chr5:13639770 G GC 1bp_insertion CDS_variant 4 A11,B33,B68,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765478.1
363 aa
N
1
182
363
TP6A_N
TOP6A-Spo11_Toprim
C
PF04406 TP6A_N 74-135 aa PF21180 TOP6A-Spo11_Toprim 184-320 aa
XP_057765479.1
361 aa
N
1
180
361
TP6A_N
TOP6A-Spo11_Toprim
C
PF04406 TP6A_N 74-135 aa PF21180 TOP6A-Spo11_Toprim 184-355 aa
XP_057765480.1
347 aa
N
1
174
347
TP6A_N
TOP6A-Spo11_Toprim
C
PF04406 TP6A_N 74-135 aa PF21180 TOP6A-Spo11_Toprim 172-304 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765478.1 Pfam PF04406 TP6A_N Domain 74 135 4.4e-22 78.4 Type IIB DNA topoisomerase
XP_057765478.1 Pfam PF21180 TOP6A-Spo11_Toprim Domain 184 320 8.9e-51 173.0 Topoisomerase 6 subunit A/Spo11, Toprim domain
XP_057765479.1 Pfam PF04406 TP6A_N Domain 74 135 4.4e-22 78.4 Type IIB DNA topoisomerase
XP_057765479.1 Pfam PF21180 TOP6A-Spo11_Toprim Domain 184 355 1.4e-65 221.1 Topoisomerase 6 subunit A/Spo11, Toprim domain
XP_057765480.1 Pfam PF04406 TP6A_N Domain 74 135 4.6e-22 78.3 Type IIB DNA topoisomerase
XP_057765480.1 Pfam PF21180 TOP6A-Spo11_Toprim Domain 172 304 4.1e-46 157.8 Topoisomerase 6 subunit A/Spo11, Toprim domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909496.1
CAACTTTTTGCCCATTTACATATACGATCACGATAAATATGTCATTCTTAATTCTGCATAGCACCTTCTGATAGTAATAACTTTTGATATTTCCGGATGTAGTAGAAAACACTCATGAAGAAATGGCGGGAAAACAACTGAGCCACAATCGGTTCGACTTGCTTAACAAAATCAGGGAGCTTACGCGATCAATCGTTGAAGATATATGTGGCGGTCGATCGCCGATTTTACGAATTGATCAGTTCAGTTCATATTGCGCC...
XM_057909495.1
CAACTTTTTGCCCATTTACATATACGATCACGATAAATATGTCATTCTTAATTCTGCATAGCACCTTCTGATAGTAATAACTTTTGATATTTCCGGATGTAGTAGAAAACACTCATGAAGAAATGGCGGGAAAACAACTGAGCCACAATCGGTTCGACTTGCTTAACAAAATCAGGGAGCTTACGCGATCAATCGTTGAAGATATATGTGGCGGTCGATCGCCGATTTTACGAATTGATCAGTTCAGTTCATATTGCGCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130986180
ATGGCGGGAAAACAACTGAGCCACAATCGGTTCGACTTGCTTAACAAAATCAGGGAGCTTACGCGATCAATCGTTGAAGATATATGTGGCGGTCGATCGCCGATTTTACGAATTGATCAGTTCAGTTCATATTGCGCCGATGGTTTTGGAGACTGCTGTTGCAGCTATAACTTGGCAAGTAGAAAGGAAATTCTCACGCTGCAGAGAGAAAGTCAAGTACGGAGGTTGGATTTATTGCTACGGGTATTGGTAATAGTTCA...
LOC130986180
ATGGCGGGAAAACAACTGAGCCACAATCGGTTCGACTTGCTTAACAAAATCAGGGAGCTTACGCGATCAATCGTTGAAGATATATGTGGCGGTCGATCGCCGATTTTACGAATTGATCAGTTCAGTTCATATTGCGCCGATGGTTTTGGAGACTGCTGTTGCAGCTATAACTTGGCAAGTAGAAAGGAAATTCTCACGCTGCAGAGAGAAAGTCAAGTACGGAGGTTGGATTTATTGCTACGGGTATTGGTAATAGTTCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057765478.1
MAGKQLSHNRFDLLNKIRELTRSIVEDICGGRSPILRIDQFSSYCADGFGDCCCSYNLASRKEILTLQRESQVRRLDLLLRVLVIVQQLLQEKKHCSKRDIYYMHPSAFKEQSAVDRAINDICILLKCSRHNLNVVSVGNGLVMGWVRFSEAGRKFDCIGSPNKTYHIPVQVEDVEDIISLAEYILIVEKESVFQRLANDQFCRQNRAIVITGRGYPDIPTRRFLHLLVGTLHLPVYCLVDCDPYGIDILVTYRFGSMQM...
XP_057765479.1
MAGKQLSHNRFDLLNKIRELTRSIVEDICGGRSPILRIDQFSSYCADGFGDCCCSYNLASRKEILTLQRESQVRRLDLLLRVLVIVQQLLQEKKHCSKRDIYYMHPSAFKEQSAVDRAINDICILLKCSRHNLNVVSVGNGLVMGWVRFSEAGRKFDCIGSPNKTYHIPVQVEDVEDIISLAEYILIVEKESVFQRLANDQFCRQNRAIVITGRGYPDIPTRRFLHLLVGTLHLPVYCLVDCDPYGIDILVTYRFGSMQM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器