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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001510

染色体: Chr05 坐标: 13852314-13854512 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001510
名称SmilChr05G001510
描述U-box domain-containing protein 13
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13852314 - 13854512 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986201
GeneID130986201
locus_tag-
NCBI NameLOC130986201
原始查询SmilChr05G001510

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述U-box domain-containing protein 13
产物U-box domain-containing protein 13
ArabidopsisAT3G20170 (AT3G20170)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821561]
identity=45.6; qcov=0.985; evalue=7.53e-120; confidence=high
RiceOs03g0275900 (OsPUB10)
-
identity=26.7; qcov=0.51; evalue=6.18e-10; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00514 (Arm); PF02985 (HEAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986201

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765498.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057765498.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057765498.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765498.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13852438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B136,B27,B55,C56
Chr5:13852569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr5:13852795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B68,C48
Chr5:13853342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B7,C11,C69,C74,D10
Chr5:13853686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,A2
Chr5:13853736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B33,B68,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765498.1
463 aa
N
1
232
463
Arm
Arm
HEAT
C
PF00514 Arm 219-255 aa PF00514 Arm 340-372 aa PF02985 HEAT 346-373 aa
XP_057765500.1
463 aa
N
1
232
463
Arm
Arm
HEAT
C
PF00514 Arm 219-255 aa PF00514 Arm 340-372 aa PF02985 HEAT 346-373 aa
XP_057765501.1
463 aa
N
1
232
463
Arm
Arm
HEAT
C
PF00514 Arm 219-255 aa PF00514 Arm 340-372 aa PF02985 HEAT 346-373 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765498.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 219 255 2.4e-30 104.3 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057765498.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 340 372 2.4e-30 104.3 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057765498.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 346 373 1.8e-08 34.5 HEAT repeat
XP_057765500.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 219 255 2.4e-30 104.3 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057765500.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 340 372 2.4e-30 104.3 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057765500.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 346 373 1.8e-08 34.5 HEAT repeat
XP_057765501.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 219 255 2.4e-30 104.3 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057765501.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 340 372 2.4e-30 104.3 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057765501.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 346 373 1.8e-08 34.5 HEAT repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909518.1
GGACCAAAGTAAATAAAAGAGTAATTTCACGAAAAGAATAATTGTCTTTTTTTCATAAAAAAAAGAATAATAGTCTGAGAACTGAGAAGGCCTAAATCATCAATTACTGGAATTGAGATTTGAGAGCAGCTTTCTTTCTCCATTTCTTATGCTCCGACGGAGGGAGCACGCCGCTAAAGACGTCGAAACTTACCCAGAATGGTTTGAGGATTGTCTGGCAATAGTCTTTGATGGAGAGGTCAGAAGGCAAGGAAGCAGAG...
XM_057909515.1
AAAGAATAATAGTCTGAGAACTGAGAAGGCCTAAATCATCAATTACTGGAATTGAGATTTGAGAGCAGCTTTCTTTCTCCATTTCTTATGCTCCGACGGAGGGAGCACGCCGCTAAAGACGTCGAAACTTACCCAGACCTTGGTGACGGATATTGCTTCTGAAACTGTTATCTTTATTTTGGGGCATTTCTGCAGAATGGTTTGAGGATTGTCTGGCAATAGTCTTTGATGGAGAGGTCAGAAGGCAAGGAAGCAGAGAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130986201
ATGGAGAGGTCAGAAGGCAAGGAAGCAGAGAGTGCCACCAGCAGAAACTGGGACGTATTGTTCCATCTCTTTGCTAAAGCAATTGCGGATGAGAACGACAAACGTAAAATTCAGGCTATGATCAAGCTTGCAAAGATGTCAAAACATGCACCTGAAAGTATATTGGGACTTACTGTGCCAATGCTATTAGAGCTTCTTGGAAGCCCGCGGCATAATTTGAGTGCACCAGTTCAGGAAGCTTCTGCTTACTGCTTGAAATG...
LOC130986201
ATGGAGAGGTCAGAAGGCAAGGAAGCAGAGAGTGCCACCAGCAGAAACTGGGACGTATTGTTCCATCTCTTTGCTAAAGCAATTGCGGATGAGAACGACAAACGTAAAATTCAGGCTATGATCAAGCTTGCAAAGATGTCAAAACATGCACCTGAAAGTATATTGGGACTTACTGTGCCAATGCTATTAGAGCTTCTTGGAAGCCCGCGGCATAATTTGAGTGCACCAGTTCAGGAAGCTTCTGCTTACTGCTTGAAATG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057765498.1
MERSEGKEAESATSRNWDVLFHLFAKAIADENDKRKIQAMIKLAKMSKHAPESILGLTVPMLLELLGSPRHNLSAPVQEASAYCLKCIASHGELADLMGQSGAIPILLRLLRNSEEGFRRPLLKCLRNVVTFWIPNRMILASHGGLEIILAMLTSSSGESKLILLEILSALALVREVRKFLWNSRRVSLLVEAASHGTAISRTRAAQAIGLLGLIKRARRAIVDAGAVPVLMHLLAEGDNTMKVVAGNALGVISSHVDHI...
XP_057765500.1
MERSEGKEAESATSRNWDVLFHLFAKAIADENDKRKIQAMIKLAKMSKHAPESILGLTVPMLLELLGSPRHNLSAPVQEASAYCLKCIASHGELADLMGQSGAIPILLRLLRNSEEGFRRPLLKCLRNVVTFWIPNRMILASHGGLEIILAMLTSSSGESKLILLEILSALALVREVRKFLWNSRRVSLLVEAASHGTAISRTRAAQAIGLLGLIKRARRAIVDAGAVPVLMHLLAEGDNTMKVVAGNALGVISSHVDHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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