当前解析结果
SmilChr05G001517| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001517 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001517 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G001517 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 13904283 - 13905369 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986209 |
|---|---|
| GeneID | 130986209 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986209 |
| 原始查询 | SmilChr05G001517 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0690100; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0690100; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G54630 (AT5G54630)zinc finger protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835552] identity=31.1; qcov=0.968; evalue=1.37e-23; confidence=low |
| Rice | Os04g0690100- identity=34; qcov=0.927; evalue=1.35e-24; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986209 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057765510.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057765510.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057765510.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765510.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765510.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:13904686 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B139,B47,C43,C75,C82 |
Chr5:13904686 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B139,B47,C43,C75,C82 |
Chr5:13904692 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | B139,B47,C43,C75,C82 |
Chr5:13904692 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B139,B47,C43,C75,C82 |
Chr5:13905029 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,C64,C66 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。