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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001526

染色体: Chr05 坐标: 13987881-13988477 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001526
名称SmilChr05G001526
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13987881 - 13988477 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025542
GeneID131025542
locus_tag-
NCBI NameLOC131025542
原始查询SmilChr05G001526

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=46.6; qcov=0.965; evalue=8.79e-56; confidence=high
RiceOs10g0432200
-
identity=47.6; qcov=0.955; evalue=1.45e-58; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811318.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057811318.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811318.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811318.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811318.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13987961 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 18 B121,B132,B138,B17,B36,B45,B48,B70,B71,B83,C10,C15,C34,C36,C38,C4,C62,C83
Chr5:13988034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:13988077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr5:13988092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B101,B27,B70
Chr5:13988100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:13988111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B117,B140,B46
Chr5:13988117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B117,B140,B46
Chr5:13988150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:13988218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C69
Chr5:13988261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:13988269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B117,B140,B46
Chr5:13988297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955335.1
ATGGATTTAGTCACTAATGCAGGATTGTTGGGATGTAAACCTTGTAGCACACATATGAATTCTAGAAAGTCATTGCAGCAAGATGTTGGTACTCCACTCAATGATGTTACTCAATACCGTAGACTCATTAGAAGGCTCTTGTATCTATGCATAACTAGGTCAGATATTACTTTTGTAGTTCACAAGTTAAGTCAATTTCTTACTAAGCCATGTGATGGACATATGTTGGCAGCTGAACGTGTTCTAAAATATTTGAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025542
ATGGATTTAGTCACTAATGCAGGATTGTTGGGATGTAAACCTTGTAGCACACATATGAATTCTAGAAAGTCATTGCAGCAAGATGTTGGTACTCCACTCAATGATGTTACTCAATACCGTAGACTCATTAGAAGGCTCTTGTATCTATGCATAACTAGGTCAGATATTACTTTTGTAGTTCACAAGTTAAGTCAATTTCTTACTAAGCCATGTGATGGACATATGTTGGCAGCTGAACGTGTTCTAAAATATTTGAAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811318.1
MDLVTNAGLLGCKPCSTHMNSRKSLQQDVGTPLNDVTQYRRLIRRLLYLCITRSDITFVVHKLSQFLTKPCDGHMLAAERVLKYLKGTLGHSLHYASNFSLEVSMFSDADWASCPDTRRSVSGFCLFIGSSLVSWRSKKQHTISRSSTKAEYRVMVVACCEVVWITTLLADFGVVLKCPTPLYCDNQAAIYHFKSSLP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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