Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001527`

染色体: Chr05 坐标: 13995235-14000208 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001527`
名称	SmilChr05G001527
描述	uncharacterized SmilChr05G001527
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	13995235 - 14000208 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986218`
GeneID	`130986218`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986218`
原始查询	`SmilChr05G001527`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF09331 (DUF1985)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986218

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765537.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057765537.1`
3	PML body	PML body	0.60000	`XP_057765537.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.40000	`XP_057765537.1`
5	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057765537.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:13997194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr5:13997311`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B29,B4
`Chr5:13997314`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B11,C67
`Chr5:13998128`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr5:13998141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C86
`Chr5:13998141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr5:13998143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,B77,C62,D10
`Chr5:13998182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,A20,C9,D10
`Chr5:13998201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,B89,C34
`Chr5:13998218`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B33
`Chr5:13998226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B111,C30
`Chr5:13998226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765537.1

747 aa

374

747

DUF1985

PF09331 DUF1985 85-211 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765537.1`	Pfam	`PF09331`	DUF1985	Family	85	211	3.9e-10	40.6	Domain of unknown function (DUF1985)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909554.1
TAAGCTTAAAGGGTGATTGGACAATTCATACGGCTACAATGCAGCTTTATAGGGTCTATTTCTTCTTTGCAGTAAATTCACGAGAAGGAGATTGACAAAATCAACTCAATAAGTCTAAATTTATTTAGTTTATTTGATTGGAATATGAATTAATATTGTAACACATAAAATAATAGCAAATGATGGATAAAAAAATTAAAAAATCATATATTATGAATCACTGAAACATAATACACCATGCCACCAAGTACCCGCCAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986218
ATGGCTTCTTCTTCAAACGAAATGGGTTATCGGAGGCCCGAAACAATAAATCGCCCCGGGACGCAGATCAGTTCTTACTACAAGACCAGTTATTTGTCCCTTGTACCCGAGCAACTGAGGGAAATTGGGGGCGACGCACTGGAGACCACGTTCAGGCAGGGTTGCTTTGGACATTTGTTGGATTGGGATCCGGGCAACAGGTGCAACATGGCATTGCACCATATTGTCTCTCGTTCTTTGCTGGATTGTGACGATGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765537.1
MASSSNEMGYRRPETINRPGTQISSYYKTSYLSLVPEQLREIGGDALETTFRQGCFGHLLDWDPGNRCNMALHHIVSRSLLDCDDVMWFYINGRKVGLDHAAFALVTGLPFGPHRFDPTATHNLKNCVAYTRVCGGQRLSVQELANIFFERWTEIVDPDGSIALRVAHLLVLHAFVLGVDLPRPVEIWTWALVEDLSEFSTFPWGAAAYNRLNYRMRKMSKEWKYHFYGPSWALYTWGLEVVPGLGRAVAIHNAGILPRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器