当前解析结果
SmilChr05G001536| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001536 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001536 |
| 描述 | putative MO25-like protein At5g47540 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 14039608 - 14043179 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986228 |
|---|---|
| GeneID | 130986228 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986228 |
| 原始查询 | SmilChr05G001536 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative MO25-like protein At5g47540 |
| 产物 | putative MO25-like protein At5g47540 |
| Arabidopsis | AT5G47540 (AT5G47540)Mo25 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834804] identity=68.9; qcov=0.878; evalue=1.68e-174; confidence=high |
| Rice | Os07g0585100- identity=68; qcov=0.875; evalue=6.41e-177; confidence=high |
| GO | GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0043539 (protein serine/threonine kinase activator activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08569 (Mo25) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986228 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057765551.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057765551.1 |
| 3 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.20000 | XP_057765551.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765551.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765551.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:14039818 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:14040281 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:14040504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B101,B27,B70 |
Chr5:14040862 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:14041452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr5:14041679 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr5:14041745 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B33,B68,C48 |
Chr5:14042296 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr5:14042375 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B23,B45 |
Chr5:14042375 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B23,B45 |
Chr5:14042378 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,B45 |
Chr5:14042781 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765551.1PF08569
Mo25 36-367 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765551.1 |
Pfam | PF08569 |
Mo25 | Repeat | 36 | 367 | 1.8e-122 | 409.5 | Mo25-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。