Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001552`

染色体: Chr05 坐标: 14244209-14249556 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001552`
名称	SmilChr05G001552
描述	protein HOMOLOG OF MAMMALIAN LYST-INTERACTING PROTEIN 5-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14244209 - 14249556 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025546`
GeneID	`131025546`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025546`
原始查询	`SmilChr05G001552`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein HOMOLOG OF MAMMALIAN LYST-INTERACTING PROTEIN 5-like
产物	protein HOMOLOG OF MAMMALIAN LYST-INTERACTING PROTEIN 5-like
Arabidopsis	`AT4G26750` (EXT-like) hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828782] identity=75.2; qcov=0.258; evalue=3.31e-44; confidence=weak
Rice	`Os06g0308800` - identity=60.6; qcov=0.408; evalue=5.12e-53; confidence=low
GO	GO:0005771 (multivesicular body); GO:0032511 (late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway)
KEGG	smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04652 (Vta1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025546

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811323.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057811323.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057811323.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811323.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811323.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14244316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,C58,C75
`Chr5:14244444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,D7
`Chr5:14244445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,C56
`Chr5:14244504`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B136,B65,C24,C46,C56
`Chr5:14244537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr5:14244628`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B18
`Chr5:14245578`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A5,B108
`Chr5:14245578`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A5,B108
`Chr5:14246693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,B78,C23
`Chr5:14246711`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811323.1

392 aa

196

392

Vta1

PF04652 Vta1 84-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811323.1`	Pfam	`PF04652`	Vta1	Family	84	171	1.3e-25	90.8	Vta1 like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955340.1
ATGGGTATAAATTTGTGCGGTTTCCGGTGTAGCAGATCGTCGGAGAAGGAAACAGCAGCGGTGATGAGCGTGAAAGTCGTTCAAAAGAAAGTAGTGGTAACTCTTGAGGAGTTGATCACATCTTCACCTGGTTTCAACAACGCAATAAGAGTAAGAGATGATGATGATTACTACATGAACCCCATCATACATAAACAATCATCGTCAAGAAAAATCCATCCATCGTCATGTGATGGAGACACTCACACAACCAAACCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025546
ATGGGTATAAATTTGTGCGGTTTCCGGTGTAGCAGATCGTCGGAGAAGGAAACAGCAGCGGTGATGAGCGTGAAAGTCGTTCAAAAGAAAGTAGTGGTAACTCTTGAGGAGTTGATCACATCTTCACCTGGTTTCAACAACGCAATAAGAGTAAGAGATGATGATGATTACTACATGAACCCCATCATACATAAACAATCATCGTCAAGAAAAATCCATCCATCGTCATGTGATGGAGACACTCACACAACCAAACCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811323.1
MGINLCGFRCSRSSEKETAAVMSVKVVQKKVVVTLEELITSSPGFNNAIRVRDDDDYYMNPIIHKQSSSRKIHPSSCDGDTHTTKPKKKDRKSLKWGPDDYLHVEGFALNLFSKADKQDRAGRADLNTAKTFYAASICFEILNQFGELQPDLEQKQKYAAWKAADIRKALEEGRKPIPGPPGGDTDLSVPSSTYNGANDLESSKSDVADLGTRSDLARVDSAARTAPARDSFPQAYDHNNLQHSTEFSQPPSNVMGSPAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器