Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001562`

染色体: Chr05 坐标: 14300146-14302773 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001562`
名称	SmilChr05G001562
描述	mitochondrial pyruvate carrier 3-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14300146 - 14302773 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986249`
GeneID	`130986249`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986249`
原始查询	`SmilChr05G001562`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial pyruvate carrier 3-like
产物	mitochondrial pyruvate carrier 3-like
Arabidopsis	`AT4G05590` (AT4G05590) pyruvate carrier-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825927] identity=71; qcov=0.677; evalue=3.47e-57; confidence=high
Rice	`Os07g0449100` (OJ1047_A06.120) - identity=64.8; qcov=0.665; evalue=1.29e-52; confidence=high
GO	GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0006850 (pyruvate import into mitochondria)
KEGG	-
Pfam	PF03650 (MPC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986249

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057765586.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057765586.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	0.80000	`XP_057765586.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765586.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765586.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14300371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B113,B139
`Chr5:14300399`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B128,C57,C80
`Chr5:14300415`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B103,B22,B56,B64,B96,C37
`Chr5:14302590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr5:14302625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	131	A1,A10,A13,A14,A15,A19,A21,A23,A4,A5,A8,B10,B101,B102,B103,B104,B107,B108,B110,B111,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B125,B129,B130,B131,B132,B134,B137,B138,B140,B15,B17,B19,B21,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B35,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B51,B52,B53,B56,B59,B62,B63,B64,B69,B7,B70,B77,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B89,B9,B94,B95,B96,B99,C10,C13,C15,C2,C20,C21,C28,C3,C31,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C4,C40,C48,C52,C54,C57,C58,C60,C62,C63,C64,C66,C68,C69,C70,C71,C72,C74,C75,C8,C83,C84,D1,D10,D3,D4,D7,D8,D9
`Chr5:14302626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	54	A20,A25,A8,B103,B117,B12,B125,B126,B13,B14,B140,B18,B2,B24,B26,B31,B36,B38,B39,B40,B47,B50,B51,B52,B56,B62,B63,B80,B81,B96,B97,B98,C12,C17,C18,C2,C29,C3,C34,C36,C43,C5,C51,C52,C54,C6,C70,C72,C75,C80,C82,C86,D2,D5
`Chr5:14302674`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B65
`Chr5:14302674`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B65
`Chr5:14302695`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	122	A1,A10,A13,A14,A15,A19,A21,A23,A5,A8,B10,B101,B102,B103,B107,B108,B110,B111,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B125,B126,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B137,B138,B140,B15,B19,B21,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B35,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B51,B52,B53,B54,B59,B62,B63,B64,B69,B7,B70,B77,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B9,B94,B95,B96,C10,C13,C15,C19,C2,C20,C28,C3,C32,C35,C37,C38,C40,C44,C46,C48,C52,C54,C57,C58,C60,C62,C64,C66,C68,C69,C70,C71,C72,C74,C75,C8,C83,C84,D1,D10,D3,D7,D8,D9
`Chr5:14302705`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,C3
`Chr5:14302711`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C15
`Chr5:14302711`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765586.1

158 aa

158

MPC

PF03650 MPC 49-152 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765586.1`	Pfam	`PF03650`	MPC	Repeat	49	152	1.1e-32	113.4	Mitochondrial pyruvate carriers

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909603.1
CCTGCTTCGTTGACTTTGAATATATATATATATAAAGCAAGGCGATGCATTACCAGAAAGAAGAGAAGCCATATATATTCATTCAATTAGATATATATAAAGATAAATATGGTTGCAGTTGCAGGTATTGGCGTTTGAGTTTCAACTGGTCATATATAGATCAAGTCAACGAAGCCTTAATGGCCGCCTCCTCCAAGCTTCATGCCTTGTGGAACCATCCCGCCGGCCCCAAAACCATTCACTTCTGGGCTCCAACGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986249
ATGCATTACCAGAAAGAAGAGAAGCCATATATATTCATTCAATTAGATATATATAAAGATAAATATGGTTGCAGTTGCAGGTATTGGCGTTTGAGTTTCAACTGGTCATATATAGATCAAGTCAACGAAGCCTTAATGGCCGCCTCCTCCAAGCTTCATGCCTTGTGGAACCATCCCGCCGGCCCCAAAACCATTCACTTCTGGGCTCCAACGTTCAAATGGGGTTTAACAATAGCAAACGTTGCTGATTTTACTAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765586.1
MHYQKEEKPYIFIQLDIYKDKYGCSCRYWRLSFNWSYIDQVNEALMAASSKLHALWNHPAGPKTIHFWAPTFKWGLTIANVADFTKPHETISYPQQIALATSGLMWARYSTIVTPKNWNLFGVSLGMSATGIYQLARRARHDYYSEKNTTKAEEIMPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器