Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001605

染色体: Chr05 坐标: 14795008-14796022 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001605
名称SmilChr05G001605
描述protein SOB FIVE-LIKE 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向14795008 - 14796022 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986287
GeneID130986287
locus_tag-
NCBI NameLOC130986287
原始查询SmilChr05G001605

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SOB FIVE-LIKE 1-like
产物protein SOB FIVE-LIKE 1-like
ArabidopsisAT5G38790 (AT5G38790)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833870]
identity=41.7; qcov=0.567; evalue=2.34e-08; confidence=low
RiceOs09g0473600
-
identity=39.5; qcov=0.598; evalue=1.57e-06; confidence=low
GOGO:0009691 (cytokinin biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF30936 (SOFL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986287

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057765635.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057765635.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057765635.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057765635.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765635.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765635.1
127 aa
N
1
64
127
SOFL
C
PF30936 SOFL 1-122 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765635.1 Pfam PF30936 SOFL Family 1 122 2.9e-22 80.3 SOB FIVE-LIKE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909652.1
CGATCATATCTTATACACACATCACCCGAGCCGAGCCCGAGCATATCCCTAAGGGTTCAAAACCACGATGCTCGTGGGCGGGTGGGGCTCGCCTTTTGTCATCATCCACAGACAGCTTTATACTTATGAATAGATAAAAAGAGTAGCAAGATTTCGAGGCCCGACATTGTCCTAAAAGAGGCCTAAAATCTGTGCTAATCAAGTCATAAAAACTTCACCTGCAAAAAGGTCCCCTCTTTATAAATAAAAGGCCACATATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986287
ATGGACTCCTTCAAATTCCCTCAAGGCAGCGACGAGTGCAGCAGCAACGAGTCGGGGTGGACCGCATACATAGGCTCACCACATCAAGAAGCTGATCACGATGACGATGATGATGATGATCGCGATCGTAGCAAAGATGGAAAAGAGCACAAGGAGAAAGATGCCGACAGTGATGATTCAATGGCTTCTGATGCATCCTCTGCTCCCAGTGGTCAGTATGGGCATTTCAACAAACACCTTGCCTACGGAAATGCAAAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765635.1
MDSFKFPQGSDECSSNESGWTAYIGSPHQEADHDDDDDDDRDRSKDGKEHKEKDADSDDSMASDASSAPSGQYGHFNKHLAYGNAKTANQRKHGAKKDQKQGDMKRHAEKIKAAKDKADSATRSRKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器