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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001616

染色体: Chr05 坐标: 14937506-14938240 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001616
名称SmilChr05G001616
描述uncharacterized SmilChr05G001616
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向14937506 - 14938240 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025560
GeneID131025560
locus_tag-
NCBI NameLOC131025560
原始查询SmilChr05G001616

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=28.6; qcov=0.758; evalue=2.69e-14; confidence=low
RiceOs06g0205337
-
identity=29; qcov=0.848; evalue=1.16e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025560

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057811339.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811339.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057811339.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811339.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811339.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:14937511 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B96
Chr5:14937511 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B96
Chr5:14937524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A21,B122,B60,C85
Chr5:14937525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C69
Chr5:14937528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B137,B19,C39,C9
Chr5:14937535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr5:14937546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B138,B77,C48
Chr5:14937578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,D2
Chr5:14937586 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 8 A10,A2,B121,B124,B16,B81,C58,C9
Chr5:14937607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,C19,C43,C47
Chr5:14937615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C64,D2
Chr5:14937627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C2,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955356.1
ATGGAGATTTGGCCTCATTCTTTTGCGAGAGGTCTTCCAAGAACGGTGTCGGATCATTGTCCGATATTGATGGAAACTAAATTTGTGGATTGGGGACCAAAGCCGTTCCGGTTTATTAATGCATGGACTAGTCACCCGGATTTTGCTAGAATCGTCTCAGAATCTTGGAACAAAGAAGGAATTTCGGGCTGGAGCAGCTACGTCTATAAAGAAAAACTGAAGAGACTTAAAACTGATCTCAAATGCTGGAACAGAAACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025560
ATGGAGATTTGGCCTCATTCTTTTGCGAGAGGTCTTCCAAGAACGGTGTCGGATCATTGTCCGATATTGATGGAAACTAAATTTGTGGATTGGGGACCAAAGCCGTTCCGGTTTATTAATGCATGGACTAGTCACCCGGATTTTGCTAGAATCGTCTCAGAATCTTGGAACAAAGAAGGAATTTCGGGCTGGAGCAGCTACGTCTATAAAGAAAAACTGAAGAGACTTAAAACTGATCTCAAATGCTGGAACAGAAACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811339.1
MEIWPHSFARGLPRTVSDHCPILMETKFVDWGPKPFRFINAWTSHPDFARIVSESWNKEGISGWSSYVYKEKLKRLKTDLKCWNRNCFGLIEENIAKLRTEIEEWDVVDDTLGLEESESIKRNAAAANLLLQFKNRDSLLSQKARDRWLADGDVNSSYFHRMIKGRRAKNSLSGLLLNDRWVDEPSQVKKAVREHFEGQFKQRRGFRLSLPEDFVQKKLSRESRESLEHLFTEEEVKAAIWNCE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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