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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001617

染色体: Chr05 坐标: 14943584-14949133 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001617
名称SmilChr05G001617
描述choline/ethanolaminephosphotransferase 1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向14943584 - 14949133 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986297
GeneID130986297
locus_tag-
NCBI NameLOC130986297
原始查询SmilChr05G001617

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述choline/ethanolaminephosphotransferase 1
产物choline/ethanolaminephosphotransferase 1
ArabidopsisAT1G13560 (AAPT1)
aminoalcoholphosphotransferase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837917]
identity=81.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0119800
-
identity=74.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0008654 (phospholipid biosynthetic process); GO:0016020 (membrane); GO:0016780 (phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups)
KEGGsmil00440 (Phosphonate and phosphinate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00565 (Ether lipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01066 (CDP-OH_P_transf)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986297

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765647.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057765647.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057765647.1
4 Vesicle 囊泡 0.60000 XP_057765647.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765647.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:14945415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr5:14945963 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 97 A1,A10,A11,A14,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A7,B1,B10,B105,B11,B114,B119,B123,B130,B131,B133,B134,B135,B139,B140,B16,B17,B19,B20,B21,B25,B29,B31,B33,B35,B36,B41,B42,B43,B48,B53,B55,B56,B59,B62,B63,B64,B65,B67,B69,B74,B75,B76,B78,B80,B82,B89,B96,C1,C10,C11,C12,C2,C20,C21,C22,C26,C31,C33,C34,C38,C39,C41,C42,C43,C45,C46,C49,C55,C58,C6,C61,C65,C69,C74,C75,C76,C82,C84,C85,C86,C9,D10,D11,D4,D8
Chr5:14946068 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B123,B131,B69
Chr5:14946068 G GT 1bp_insertion CDS_variant 3 B123,B131,B69
Chr5:14946245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr5:14946319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr5:14948069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr5:14948445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:14948472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr5:14948497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765647.1
389 aa
N
1
194
389
CDP-OH_P_transf
C
PF01066 CDP-OH_P_transf 45-152 aa
XP_057765648.1
389 aa
N
1
194
389
CDP-OH_P_transf
C
PF01066 CDP-OH_P_transf 45-152 aa
XP_057765649.1
389 aa
N
1
194
389
CDP-OH_P_transf
C
PF01066 CDP-OH_P_transf 45-152 aa
XP_057765650.1
389 aa
N
1
194
389
CDP-OH_P_transf
C
PF01066 CDP-OH_P_transf 45-152 aa
XP_057765652.1
389 aa
N
1
194
389
CDP-OH_P_transf
C
PF01066 CDP-OH_P_transf 45-152 aa
XP_057765653.1
334 aa
N
1
167
334
CDP-OH_P_transf
C
PF01066 CDP-OH_P_transf 30-97 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765647.1 Pfam PF01066 CDP-OH_P_transf Family 45 152 1.5e-08 35.9 CDP-alcohol phosphatidyltransferase
XP_057765648.1 Pfam PF01066 CDP-OH_P_transf Family 45 152 1.5e-08 35.9 CDP-alcohol phosphatidyltransferase
XP_057765649.1 Pfam PF01066 CDP-OH_P_transf Family 45 152 1.5e-08 35.9 CDP-alcohol phosphatidyltransferase
XP_057765650.1 Pfam PF01066 CDP-OH_P_transf Family 45 152 1.5e-08 35.9 CDP-alcohol phosphatidyltransferase
XP_057765652.1 Pfam PF01066 CDP-OH_P_transf Family 45 152 1.5e-08 35.9 CDP-alcohol phosphatidyltransferase
XP_057765653.1 Pfam PF01066 CDP-OH_P_transf Family 30 97 1.1e-06 29.9 CDP-alcohol phosphatidyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909667.1
TTTCATTCTAATTCTCAAAAAAGAAAAAATGATTTCATTCTATGACTTTTTCGTTGATTTTTTGGAAGAATATTTCCTTGGATAATTTTGATCTTCGACATTAACGTTTTTCCTTAGCTATGAAACAAAAGAAAAGCGCAACTTTATTTGATTGCCCTCTCTCGCTCTCGCTCTCGCTCTCGCTCGCACTTCCGCTGCAACGCAGAGGAAAATAAAAGAATAGAATGGGATACATCGGGGCTCATGGAGTTGCGGCTTTG...
XM_057909666.1
TTCATTCTAATTCTCAAAAAAGAAAAAATGATTTCATTCTATGACTTTTTCGTTGATTTTTTGGAAGAATATTTCCTTGGATAATTTTGATCTTCGACATTAACGTTTTTCCTTAGCTATGAAACAAAAGAAAAGCGCAACTTTATTTGATTGCCCTCTCTCGCTCTCGCTCTCGCTCTCGCTCGCACTTCCGCTGCAACGCAGGTGAGGCCAAATTCCATTTCCAATAATCTTCTATTCTATTGTATCTTTTCGCGAAA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130986297
ATGGGATACATCGGGGCTCATGGAGTTGCGGCTTTGCGCAAGCACAAGTATAGCGGAGTTGATCACTCCATAGTGTCGAAATACGTGCTTCAGCCTTTTTGGACCCGCTGCGTCAACTTATTCCCTCTCTGGATGCCACCTAACATGATTACACTTACAGGATCAATGTTTTTGGTTACATCTGCACTGCTTGGATATATATATTCACCTCAACTGGATTCACCTCCTCCGAGATGGGTTAATTTTGCCCATGGATTACT...
LOC130986297
ATGGGATACATCGGGGCTCATGGAGTTGCGGCTTTGCGCAAGCACAAGTATAGCGGAGTTGATCACTCCATAGTGTCGAAATACGTGCTTCAGCCTTTTTGGACCCGCTGCGTCAACTTATTCCCTCTCTGGATGCCACCTAACATGATTACACTTACAGGATCAATGTTTTTGGTTACATCTGCACTGCTTGGATATATATATTCACCTCAACTGGATTCACCTCCTCCGAGATGGGTTAATTTTGCCCATGGATTACT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057765647.1
MGYIGAHGVAALRKHKYSGVDHSIVSKYVLQPFWTRCVNLFPLWMPPNMITLTGSMFLVTSALLGYIYSPQLDSPPPRWVNFAHGLLLFLYQTFDAVDGKQARRTNSSSPLGELFDHGCDALGCAFEALAFGSTAMCGGSTFWFWVISAVPFYCATWENYFTNTLILPIINGPTEGLLLIYMVHFFTAIVGTEWWAQQFGKSIPFFSWVPFVNELPMYKAALFMMILFAVIPTVSFNVYNVYKIVRARKGSMLLALAMLY...
XP_057765648.1
MGYIGAHGVAALRKHKYSGVDHSIVSKYVLQPFWTRCVNLFPLWMPPNMITLTGSMFLVTSALLGYIYSPQLDSPPPRWVNFAHGLLLFLYQTFDAVDGKQARRTNSSSPLGELFDHGCDALGCAFEALAFGSTAMCGGSTFWFWVISAVPFYCATWENYFTNTLILPIINGPTEGLLLIYMVHFFTAIVGTEWWAQQFGKSIPFFSWVPFVNELPMYKAALFMMILFAVIPTVSFNVYNVYKIVRARKGSMLLALAMLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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