Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001620`

染色体: Chr05 坐标: 14977378-14978901 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001620`
名称	SmilChr05G001620
描述	uncharacterized SmilChr05G001620
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14977378 - 14978901 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986300`
GeneID	`130986300`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986300`
原始查询	`SmilChr05G001620`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	micronuclear linker histone polyprotein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822146]; symbol=AT3G25590; hit=AT3G25590; species=arabidopsis; confidence=low
产物	micronuclear linker histone polyprotein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822146]; symbol=AT3G25590; hit=AT3G25590; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G25590` (AT3G25590) micronuclear linker histone polyprotein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822146] identity=33.4; qcov=1.32; evalue=3.56e-41; confidence=low
Rice	`Os02g0693000` - identity=44.4; qcov=0.23; evalue=1.43e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986300

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057765660.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057765660.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765660.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765660.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765660.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14977921`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B118,B74,C23
`Chr5:14977981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A2,A7,B57
`Chr5:14978339`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B97
`Chr5:14978407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,A2,A7
`Chr5:14978439`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,D9
`Chr5:14978718`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909677.1
GTACTATTCCATAGTAGTAGTAAAAATAGATTTAATGGATGATGATAATGCACGTAAAAGAAAATACTGGAAACTTATAAAGGAGTTGACAGATACTGATTGATGCGTCCCCCACCCACTACACTACACTACATACACTACTACTGCTACACACCAAACCAATTTATAGGACAACCTTGATTCATTTTTTTACTCTCACACAATCATATCATTTCATACATACCTGCATTCCTCATCACTCTTGTATCTCTGCAATCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986300
ATGAGAGAGAAAGGCAAAGCCATTGAAGCTTTCAGCAACGACATTCCTGAATTCAACTACTCCGCCGCGTCCGAGCTCCCCTGCAGGAAGCACCCGAATTCGTCGTCGGTCGGGATATGCGCTCACTGCCTCAAAGACAGGCTGGTGAAGCTGGTCTGCTCCGAATGCGGCGAGCAGCGCCTCTCGTCTTGCTCCTGCTCCGACGTCTCCTCCTCCTACCGGAACTCCTGCAGCACCATGGAGGTCGGCAGCGTCGGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765660.1
MREKGKAIEAFSNDIPEFNYSAASELPCRKHPNSSSVGICAHCLKDRLVKLVCSECGEQRLSSCSCSDVSSSYRNSCSTMEVGSVGRVSFLIENDKTDQVPKARREERSEQVIFLRRSTSSCVEVKKTNGFWRIKRLFRKRRSKGCGEFSDEVWVSDAMGVSRSRSLCSFRGGADEGMSDCALSSAKISDVTSGIFLDSDKQFGFLNDSEPRRSGFRGIDQFDRAYSVPNRSVHVFPAKESDFSAMDESAFIDLKLDLSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器