Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001624

染色体: Chr05 坐标: 15143545-15143919 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001624
名称SmilChr05G001624
描述glycine-rich RNA-binding protein GRP2A-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向15143545 - 15143919 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025562
GeneID131025562
locus_tag-
NCBI NameLOC131025562
原始查询SmilChr05G001624

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich RNA-binding protein GRP2A-like
产物glycine-rich RNA-binding protein GRP2A-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025562

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811342.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811342.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057811342.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057811342.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811342.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:15143549 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B133,B74,C24
Chr5:15143550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B38,B75
Chr5:15143556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C10,C23,C55
Chr5:15143568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr5:15143569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B133,B74,C24
Chr5:15143571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B32,C13
Chr5:15143574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C70,C71
Chr5:15143575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr5:15143576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B74,C24,C73,D4
Chr5:15143612 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 29 A13,A21,A25,A7,B101,B12,B125,B13,B132,B135,B24,B28,B50,B57,B66,B71,B98,C19,C21,C22,C27,C47,C49,C5,C61,C65,C68,C86,D9
Chr5:15143615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B30,C62
Chr5:15143636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955359.1
ATGGGCCTCTCGAATTGGAGAGGGGCCGACGGAGAGAGGCCAGCAGAGGAAGACAGGAGAGAGGCCTCTGGATTTGGTCAGGTAGCGGCGGCGGAGGGTGGGGGAAGGGGAGGCAGTGGTGGGGTGGCCGATTTGCAGAGATCGGCGCCCGGTGGCAGATGGTGGGGGAAGGAGAGGAGGGAGGGCGGCGGGTGGGGGAACAAGGGAGAGGGGGAAGAAGACGGGGGAGGGGAGGGGATGGGGAAAGGGAGGCGGCGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025562
ATGGGCCTCTCGAATTGGAGAGGGGCCGACGGAGAGAGGCCAGCAGAGGAAGACAGGAGAGAGGCCTCTGGATTTGGTCAGGTAGCGGCGGCGGAGGGTGGGGGAAGGGGAGGCAGTGGTGGGGTGGCCGATTTGCAGAGATCGGCGCCCGGTGGCAGATGGTGGGGGAAGGAGAGGAGGGAGGGCGGCGGGTGGGGGAACAAGGGAGAGGGGGAAGAAGACGGGGGAGGGGAGGGGATGGGGAAAGGGAGGCGGCGGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811342.1
MGLSNWRGADGERPAEEDRREASGFGQVAAAEGGGRGGSGGVADLQRSAPGGRWWGKERREGGGWGNKGEGEEDGGGEGMGKGRRRRWWCVVWPICRDRRPVGRAEGGRWGNGGKGEEDGGRGV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器