当前解析结果
SmilChr05G001632| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001632 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001632 |
| 描述 | phosphate transporter PHO1 homolog 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 15253740 - 15258311 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986310 |
|---|---|
| GeneID | 130986310 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986310 |
| 原始查询 | SmilChr05G001632 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phosphate transporter PHO1 homolog 1-like |
| 产物 | phosphate transporter PHO1 homolog 1-like |
| Arabidopsis | AT1G68740 (PHO1;H1)EXS (ERD1/XPR1/SYG1) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843205] identity=69.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0110100 (Pho1)- identity=60.6; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000822 (inositol hexakisphosphate binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006817 (phosphate ion transport); GO:0015114 (GO:0015114); GO:0016036 (cellular response to phosphate starvation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03105 (SPX); PF03124 (EXS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986310 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057765669.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057765669.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057765669.1 |
| 4 | Endosome | 内体 | 0.20000 | XP_057765669.1 |
| 5 | Endosome membrane | 内体膜 | 0.20000 | XP_057765669.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:15254284 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B61,B8 |
Chr5:15254941 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B22,B79 |
Chr5:15257194 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr5:15257508 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B108,D11 |
Chr5:15257547 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B108,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765669.1PF03105
SPX 2-336 aa
PF03124
EXS 428-761 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765669.1 |
Pfam | PF03105 |
SPX | Domain | 2 | 336 | 1.8e-64 | 219.7 | SPX domain |
XP_057765669.1 |
Pfam | PF03124 |
EXS | Family | 428 | 761 | 4.7e-94 | 316.1 | EXS family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。