当前解析结果
SmilChr05G001635| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001635 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001635 |
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 15281650 - 15283298 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025563 |
|---|---|
| GeneID | 131025563 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025563 |
| 原始查询 | SmilChr05G001635 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 产物 | dirigent protein 22-like |
| Arabidopsis | AT5G42510 (AT5G42510)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834258] identity=40.5; qcov=0.747; evalue=1.75e-33; confidence=medium |
| Rice | Os12g0174700- identity=45.8; qcov=0.727; evalue=9.46e-37; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025563 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057811343.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057811343.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057811343.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811343.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811343.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:15281681 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr5:15282844 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B60,C9 |
Chr5:15282867 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,B58,B71,C74 |
Chr5:15282952 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,B49 |
Chr5:15282992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,B49 |
Chr5:15283014 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C60 |
Chr5:15283104 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:15283109 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B30,C17,C36,C84 |
Chr5:15283141 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr5:15283191 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,C55,D4 |
Chr5:15283194 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B60,C20,C9 |
Chr5:15283194 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B60,C20,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811343.1PF03018
Dirigent 54-195 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811343.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 54 | 195 | 2.2e-43 | 148.2 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。