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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001638

染色体: Chr05 坐标: 15347404-15350431 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001638
名称SmilChr05G001638
描述piriformospora indica-insensitive protein 2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向15347404 - 15350431 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986314
GeneID130986314
locus_tag-
NCBI NameLOC130986314
原始查询SmilChr05G001638

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述piriformospora indica-insensitive protein 2-like
产物piriformospora indica-insensitive protein 2-like
ArabidopsisAT1G68780 (AT1G68780)
RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843209]
identity=53.7; qcov=0.91; evalue=2.39e-148; confidence=high
RiceOs01g0110800
-
identity=49.3; qcov=0.882; evalue=4.02e-130; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986314

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057765674.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765674.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765674.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765674.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765674.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:15347733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:15348259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:15348356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr5:15348594 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C34
Chr5:15348594 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 C34
Chr5:15349161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765674.1
465 aa
N
1
232
465
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF13855 LRR_8 142-200 aa PF23598 LRR_14 163-327 aa PF00560 LRR_1 166-188 aa PF00560 LRR_1 191-212 aa PF13855 LRR_8 191-249 aa PF00560 LRR_1 215-236 aa PF00560 LRR_1 239-260 aa PF00560 LRR_1 262-283 aa PF13855 LRR_8 313-370 aa PF00560 LRR_1 335-356 aa
XP_057765675.1
465 aa
N
1
232
465
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF13855 LRR_8 142-200 aa PF23598 LRR_14 163-327 aa PF00560 LRR_1 166-188 aa PF00560 LRR_1 191-212 aa PF13855 LRR_8 191-249 aa PF00560 LRR_1 215-236 aa PF00560 LRR_1 239-260 aa PF00560 LRR_1 262-283 aa PF13855 LRR_8 313-370 aa PF00560 LRR_1 335-356 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765674.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 142 200 6.2e-26 90.6 Leucine rich repeat
XP_057765674.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 163 327 1.1e-16 61.3 Leucine-rich repeat region
XP_057765674.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 166 188 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765674.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 191 212 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765674.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 191 249 6.2e-26 90.6 Leucine rich repeat
XP_057765674.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 215 236 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765674.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 239 260 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765674.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 262 283 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765674.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 313 370 6.2e-26 90.6 Leucine rich repeat
XP_057765674.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 335 356 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765675.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 142 200 6.2e-26 90.6 Leucine rich repeat
XP_057765675.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 163 327 1.1e-16 61.3 Leucine-rich repeat region
XP_057765675.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 166 188 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765675.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 191 212 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765675.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 191 249 6.2e-26 90.6 Leucine rich repeat
XP_057765675.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 215 236 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765675.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 239 260 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765675.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 262 283 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat
XP_057765675.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 313 370 6.2e-26 90.6 Leucine rich repeat
XP_057765675.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 335 356 1.1e-25 84.9 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909691.1
CAAAAAGCAATAATTTAGCTCTGCCTTTTTTCTTGTAATTGGGTTTGAGAATTGACATTACTTTGAAGGCTCTGTAATGAAATGAAACGTATTAATTGAAGCCCACTATTATTACAAGTGTTTAGAACTGGCAAGAAAGAGAGAAGATAAAAAAAAAGGCAGTGTCTTTCACCATGTCTGAATTCATGCCCACTCCTTTTGTCCTCTTTCACTAGAGCAAAATCTGTTTTGAACCCAACAGCCCAAAGGTGAGAACAAGT...
XM_057909692.1
CTGGAGACAAAAACTACCTTTGTCTTGCATGTATTTACATGCCCATCTTTCACTTTTAATTTGTGCATCAAAATGGTCCCCTAACCCACCCACCCCATCTCTCTAGAAATCCTTTAATCAGAAGCCTAGATACCTATATCCAACAATAAATCTCCCAACTGTTTACCCATTGATTAAACTAGCATCCCTTTTGCATTGCATTGGTTTTCTCATATATACAGTGATACTAATCCGATCAAGAAGTCGGGTTATAGCAACTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986314
ATGAAAAAGATCGAGTCTTTGAGTTTCCCGATTGTTATTGTTTGGCTTCTTCATTCCACTGTGCCGTGCATTGGACAAGATGAGAGCTTAGGTTCTCCGATGAAGAGAGCCGAGCAAGAAGCTTTGTATAATACTCTTCAAGATTTCGTCGGGAAATGGTGGAATGGTTCTGATCTTTATCCAGATCCCTGCGGTTGGACCCCCATTCAGGGAGTTTCTTGTGATTTGTATGATGGATTTTGGTACGTGACCGATTTGAG...
LOC130986314
ATGAAAAAGATCGAGTCTTTGAGTTTCCCGATTGTTATTGTTTGGCTTCTTCATTCCACTGTGCCGTGCATTGGACAAGATGAGAGCTTAGGTTCTCCGATGAAGAGAGCCGAGCAAGAAGCTTTGTATAATACTCTTCAAGATTTCGTCGGGAAATGGTGGAATGGTTCTGATCTTTATCCAGATCCCTGCGGTTGGACCCCCATTCAGGGAGTTTCTTGTGATTTGTATGATGGATTTTGGTACGTGACCGATTTGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765674.1
MKKIESLSFPIVIVWLLHSTVPCIGQDESLGSPMKRAEQEALYNTLQDFVGKWWNGSDLYPDPCGWTPIQGVSCDLYDGFWYVTDLSIGPVHDNSLTCGEDVDFSPHLFALRHLKSLSFINCFVTPRRRAVSIPTGNWAGTLTSIEFRSNSGLTGAVPDVFGGLRNLQSLVITENGLMGQLPESIGNLVELRRLNVAGNSFTGRVPGSIGGLNRLLILDMSGNSLSGTLPATLGRLTALLKLDLSCNQLEGEIPIEIRNL...
XP_057765675.1
MKKIESLSFPIVIVWLLHSTVPCIGQDESLGSPMKRAEQEALYNTLQDFVGKWWNGSDLYPDPCGWTPIQGVSCDLYDGFWYVTDLSIGPVHDNSLTCGEDVDFSPHLFALRHLKSLSFINCFVTPRRRAVSIPTGNWAGTLTSIEFRSNSGLTGAVPDVFGGLRNLQSLVITENGLMGQLPESIGNLVELRRLNVAGNSFTGRVPGSIGGLNRLLILDMSGNSLSGTLPATLGRLTALLKLDLSCNQLEGEIPIEIRNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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